江南戰區的原本主要長官進行了調整，許長興作為長老，回到臺北擔任重要職務，趙三刀繼續留在泗礁山，總責一切，顧三在舟山之戰中與清軍遼東水師作戰，受傷較重，而且年紀漸長，有些力不從心，退役前往臺灣，擔任臺灣行政區海上警備隊總長官，至于崇明要塞守備司令塔克圖，李明勛給這位困守崇明達到十年之久的好漢子一年的假期，假期完成后，前往青島，擔任青島要塞守備長官，解放出武行，組建陸軍新的作戰師。
當然，合眾國并沒有完全不講情面，在放棄崇明之前，向延平藩提出由其接防，但鄭成功選擇了放棄，他也缺少兵力，除了缺兵，鄭成功更沒有信心在長江水道戰勝滿清水師。
未免崇明要塞為滿清所用，烏穆率領陸戰隊發動了一場對崇明的登陸作戰，將崇明守軍與崇明三萬多百姓一同撤離，并且拆毀了崇明要塞，鄭成功也知道崇明拆除后，日后進出長江就很方面，也給予了配合，在杭州灣方向發動了襲擊，牽制了滿清的水師。
而除了江南戰區撤銷，另外就是嚴格限制國內商人與滿清的走私貿易，以往東南各藩都做與滿清的走私貿易，從合眾國商人手中購買糧食、香料、木材、寶石等南洋貨物，販賣到大陸，購買生絲、絲綢、瓷器等中國商品，在這個過程中，滿清官將、東南藩鎮和中國商人都得利，而合眾國卻抽不到一點稅，相反還要承擔滿清軍力提升的損失。
延平藩主鄭成功對以往東南藩鎮這類舉措是深惡痛絕，認為不僅損害抗清大業，還消磨軍隊的作戰意志，但其主政東南之后，為了獲得財力，也是大規模進行走私，直接打了自己的臉，現在一切結束了，元老院直接限制合眾國船只前往包括舟山在內的東南島嶼，宣布不得主動前往延平藩勢力范圍進行貿易，經過東南海域前往青島、濟州、永寧方向的船只，貨物必須記錄在案，一旦到港之后，出現較大差距，則被視為走私，而在舟山方向，中國船只唯一能停靠的就是泗礁山港。
當然，延平藩可以主動派船前往臺北采購物資，但糧食、鐵、火藥、棉布等一切軍用民用物資，都必須要嚴格限量，數量根據舟山百姓數量而定，以免其購買之后，走私給滿清。
但此舉限制了中國海商，卻限制不了國外海商，特別是荷、英、葡、西四個殖民國家，因為合眾國有到港統計貨物的制度，且對所有走私船只進行查處，所以這四個國家往往派遣商船直接從自己的港口或者中立國港口采購物資前往舟山貿易，只是因為船只有限，所以效率低下，成本提高，數量也大為降低。
但無論怎么說，比以往監國時代好的多，那個時代，東南藩鎮是什么都敢往大陸走私，甚至包括火器彈藥，而鄭彩前往琉球之前，還揭發在中荷戰爭結束后，荷蘭東印度公司還通過舟山向滿清走私火炮，鑄炮匠人和雇傭兵。到了延平藩時代，類似直接提升滿清軍隊實力的走私休止了。
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