首先，鄭藩與延平藩合并，奉延平王鄭成功為藩主，而鄭成功則命鄭彩永鎮琉球，而這一點是公開的，在秘密環節，鄭彩不得再派兵前往大陸，并且完全放開琉球與舟山之間的貿易，也不得觸碰延平藩在琉球的固有利益。
當然，鄭彩入主琉球之后，軍政事務直接向李明勛的統帥部匯報，實際上，就是鄭彩替合眾國占領琉球，以便將來合眾國擁有琉球，而李明勛則答應，允許鄭彩另外一子改名之后在合眾國經商，而且鄭彩獲得成為元老的機會。
實際上，鄭彩已經退出了明清戰爭，秘密加入了合眾國國籍，為合眾國，也為他自己而戰。
如此，東南之變所有的事情才全部解決，當然，這是在朱明朝廷內部，合眾國與延平藩的問題才剛剛開始，在鄭成功公然拒絕了加入抗清御虜統一陣線之后，元老院頒布了與延平藩關系法案，在這個法案之中，合眾國宣布了對延平藩的封鎖和禁運，而這一點的目的有三。
其一為報復鄭成功在東南的胡作非為，挑起內戰。
其二限制延平藩的實力擴張，以免尾大不掉。
其三對日本有個交代，畢竟中日目前是友好關系，而延平藩與日本處于戰爭狀態，如果合眾國與延平藩交好，那就會影響中日關系，一面是幫助似友非友的延平藩，一面是壯大自身，李明勛很容易做出選擇。
按照頒布的關系法案，統帥部首先取消東南戰區和江南戰區，監國不存在了，東南戰區自然也就沒了，合眾國有權利對江南、浙江和福建三省發動戰爭，而延平藩也有權利對山東、天津和遼東作戰，雙方不再劃分勢力范圍，也不承認勢力范圍。
東南戰區沒了，配合東南作戰的合眾國江南戰區也要撤銷，合眾國與延平藩只是戰略盟友而不是真正盟軍，雙方最大的配合也就是共同對滿清宣戰，并且在對方開戰的時候趁機發動攻勢，像兩廣會戰一樣，組織盟軍統一指揮就是妄想。鄭成功對李明勛都不忿，更不可能接受其他人的指揮了。
江南戰區撤銷的第一步就是放棄崇明要塞，崇明要塞的最大意義是堵住長江口，不讓清軍水師出來，顯然清軍通過大運河機動，可以進出杭州灣，意義已經不大了，而且其原本是作為舟山防線的最前線，那個時候，為盟友監國而戰，義不容辭，現在為延平藩而戰，那就是熱臉貼冷屁股，一廂情愿。
江南艦隊也要進行改編，兩支槳帆戰隊降低為一支，另外一支調撥北洋戰區，風帆艦隊加強兩艘重巡洋艦，增強遠海作戰能力，泗礁山上的行政、司法等人員全部撤回臺灣，泗礁山只留下趙三刀繼續擔任艦隊司令兼守備長官。