在最開始的時候，精靈寶可夢世界還是一片混沌與波動混雜，其中出現了一顆蛋，而這只蛋孵化出了精靈寶可夢世界的創世神阿爾宙斯。
阿爾宙斯創造了宇宙，然后利用創世時的碎片形成石板，并藉由石板將不同的力量賦予萬物。
在此之后，阿爾宙斯創造出帝牙盧卡、帕路奇亞和騎拉帝納，然后令它們分別掌控時間、空間和反物質，同時被創造的還有金剛寶珠、白玉寶珠和白金寶珠這三個神器，用來增強這三只神獸的實力。
其中，騎拉帝納因整天搞破壞而被驅逐到了反轉世界，留下來的帝牙盧卡和帕路奇亞則運用時間與空間的能力，成功地創造出寶可夢世界的主體。
在完成精靈寶可夢世界的創立之后，它們便返回屬于它們自己的空間世界，未來只能經由神奧的槍之柱往返精靈寶可夢世界。
在精靈寶可夢世界雖然有了物質基礎，卻顯得異常地荒蕪，于是阿爾宙斯便運用屬性石板的力量，創造出精靈寶可夢世界的世界之樹，用以平衡精靈寶可夢世界的生態。
然后，阿爾宙斯又以自身的基因作為模板，創造出后世所有原生級精靈的基因源頭，且與世界之樹共生的傳說精靈夢幻。
之后，阿爾宙斯便藉由世界之樹和夢幻，以較為省力的方式，創造出成規模的傳說精靈族群。
急凍鳥在精靈寶可夢世界制造冰，然后由火焰鳥將其融化成水，再由閃電鳥賦予養份，借此產生最原始的單細胞生物。
在完成這項任務以后，三神鳥便分散開來，各自鎮守一個地區。
在三神鳥之后，時拉比等傳說精靈族群也被阿爾宙斯一個一個地創造出來，逐步地完善精靈寶可夢世界的規則。
不過，由于規則權柄過于分散的關系，這些傳說精靈族群的力量并不像帝牙盧卡、帕路奇亞和騎拉帝納這種獨自鎮守一個空間世界的神話精靈強大。
為了完善精靈寶可夢世界的規則，也為了彌補這方面的缺憾，阿爾宙斯直接演化出特定規則，并利用這些規則創造出近似于神話精靈，誕生時僅有一只存在的傳說精靈，如擁有氣候權柄的洛奇亞和擁有輪回權柄的鳳王等等。
隨后，阿爾宙斯才創造出了由克希、艾姆利多和亞克諾姆這三只傳說寶可夢。
它們分別給予所有來到寶可夢世界的生靈知識、情感和意志，使得所有生命有了智慧與情感。
這三只寶可夢在被創造出來之后，就分別潛入了心齊湖、立志湖和睿智湖，被后世的人們稱之為湖之眾神。
盡管這三只傳說精靈的戰斗力不怎么樣，但所賦予的使命卻是非常重要的。
至此，精靈寶可夢世界擁有了物質與心，徹底完整了，阿爾宙斯便回歸了初始之間陷入沉睡。
精靈寶可夢世界平穩地運行了不知道多久的時間，深海海溝的壓力在規則作用下誕生出了蓋歐卡，固拉多也在規則作用下于地底巖漿中誕生，彌漫在臭氧層中的礦物亦誕生出了裂空座。
三只堪比神話精靈的精靈寶可夢一開始還相安無事，直到蓋歐卡和固拉多為了擴張海洋與陸地，爭奪世界之初的優勢而進行了曠日持久的激烈戰斗。
最終，實在看不下去的裂空座下來平息戰斗，蓋歐卡和固拉多才回到了海底洞窟與煙囪山陷入長眠。
精靈寶可夢世界也因為它們的爭斗，在海面上形成了一塊塊的大陸，包含阿羅拉的幾塊島嶼也在其中。
洛奇亞雖然在誕生之初僅有一只存在，可它擁有的權柄并不足以讓它像鳳王那般逍遙。
需要調控整個精靈寶可夢世界的氣候的洛奇亞，為了完成阿爾宙斯賦予它的使命，最后效仿其它那些傳說精靈，發展出它的族群。