根據小照的調查，湛藍島上的圈圈熊們全都沒有進化現象。
熊大是它們中的孤本，這意味著除卻滿月之外，特殊的泥炭塊也同樣不可或缺。
因而周游將大量來自洗翠大地的泥炭塊當作迷宮產物交給山梨博士，希望能利用科技的手段復刻出兩百年前泥炭塊中的特殊成分。
然而正當對圈圈熊、月月熊的研究如火如荼的展開之際，自遙遠的緣朱市方向散發出的不詳紅光愈發顯眼，甚至連身處湛藍高地的三人也能感到其中散發的破滅之意。
決戰就在眼前了。
當天深夜，熬不過山梨博士的小照換上睡衣，打算回房間玩會新發售的智能手機就上床休息。
不過由于對別院不太熟悉的緣故，她沒能順利回到周游為客人準備的房間，而是莫名來到了對方的收藏室。
“奇怪，這股感覺究竟是”
冥冥之中，仿佛有什么特別的事物在吸引、在呼喚著她。
于是小照略過太古之白石、異星的隕石、記述奧義的卷軸、迷之金色觸須、未知生物的化石等等價值連城的至寶，一路來到了收藏室的最深處。
那里正擺著一塊平平無奇，卻因不明原因與所有其他展品分開來存放，圖案呈十字星嵌于棱形中的白色石板。
沒來由的，小照竟感到一種不可思議的親切之意。
隨即她下意識伸手撫過未曾設下任何防護的石板，輕而易舉地將其拾起。
察覺到背后的花紋與正面不同，又翻過來仔細查看。
石板背后并非花紋，而是一句以古代神奧語寫就的銘文
“其在所有的宇宙中，注視著寶可夢與人”
就在小照讀出銘文的下一瞬間，平平無奇又極為親切的石板忽然綻放萬丈金光，不可名其狀的偉力頓時籠罩了整個湛藍高地
另一方面，正在研究中的周游與山梨博士皆察覺到那股不可思議的力量，同時望向其來源方位。
而當意識到問題嚴重性的周游與山梨博士急忙來到收藏室時，那股突然出現的神秘力量又莫名的消失不見。
與之同時失蹤的，是不久前才剛剛告別二人回去休息的小照
“小照”山梨博士焦急地大喊，他驚悚地發現那個懂事又博聞強識的女孩消失了
博士身旁，得當時目擊了一切的太古白石告知真相的周游則望向收藏室盡頭。
消失的不僅僅是小照與那股不可思議的力量，還有被他擺在房間里供起來的傳說石板
同一時間，不可思議的迷宮中，時限之塔第19層。
“大家準備好了嗎，前面不遠處就是通往塔頂的入口了。”
經歷了無止境的迷路與漫長的冒險后，在距離下一層入口的房間只剩下一條通道時，戴著帽子的皮卡丘懷揣著緊張的心情回首望向眾精靈。
把自己從海灘上撿回家的搭檔在這趟旅行中漸漸變得堅強起來，在不久前的戰斗中綻放出嶄新的姿態，進化成為一種前所未有的粉色緞帶伊布。
一直將眾人護在身前的小次郎重拾自我，進化成為威風凜凜的風速狗。
遇事就沖在前方的武藏回想起對精靈的熱愛，進化成為可靠的幸福蛋。
喵喵嘛還是那個喵喵，但是似乎獲得了鐵的意志與鋼的強韌
在不可思議的迷宮的探險中，大家都得到了不小的成長，就連小智自己也稍微沒那么莽撞。