在后世的合眾國教科書中，長崎事變一直被冠以長崎大屠殺之類的名字，且被定義為是日本德川幕府針對合眾國自由守法商民的迫害和屠戮，但真正了解這段歷史的人卻知道，并沒有這么簡單，比如這場被稱之為大屠殺的事變中，中國籍商人的死亡人數只有三十五人，如果加上偽裝成中國商人的廣南、暹羅商人及被針對的華人群體，也不過造成了五百人的傷亡。
實際上這種被冠以大屠殺的事件能上教科書，更多的是合眾國的海外軍事行動能得到國民的支持，因此常常把一些死亡數量很少的事件稱之為屠殺，以更好的干預海外局勢，對于這一點，歐洲人習以為常，比如后世歷史上著名的波士頓大屠殺，只死了五個人。
長崎事變爆發后，并不是日本亂民包圍長崎城進行大規模的屠殺，相反，魏柏年很快從唐津藩武士的嘴里知道，這次事件并非是德川幕府策劃的，主要依據在于，除了唐津藩，九州各藩都沒有進行動員。
搞清楚狀況之后，魏柏年當晚便是以中國公使的身份對所有的中國商船進行軍事管制，并且授權水手們強征所有的日本商船和水手，而對于其他外籍商船則予以放行，而在此之前，魏柏年已經向大本營和濟州島的北洋戰區求援。
當晚后半夜，魏柏年親率一支八百人的武裝隊沖入了長崎城，控制了主要街道和長崎奉行所，宣布對這座城市進行軍事管制，然后命令城中所有的中國人和華人向碼頭撤離，而碼頭的船只則將其先帶到長崎港最近的五島暫時安置，第二天華人自衛隊和中國商人志愿隊組建，控制長崎的武裝力量達到了四千人，雖然槍械不足，但大炮卻很多，直接放在路口裝滿霰彈阻擊。
日本的暴民很快被鎮壓，唐津藩與周邊的兩個譜代大名重新組織了兩千五百人的軍隊圍攻，但遭遇了失敗，長崎事變發生的十天后，北洋艦隊就趕到了，可惜，北洋艦隊指揮官只帶來了戰艦，沒有帶陸戰隊，因為他得到的情報只是長崎發生騷亂，商船需要護衛。
但艦船上還是有隨船陸戰隊的，艦隊里的水手也不缺少武器，北洋艦隊司令官宋羅峰派遣一千人上岸支援魏柏年，魏柏年是宋羅峰的堂外甥，配合倒也得當。
中國人控制長崎城的消息很快傳開，九州和本州的一些大名開始集結部隊匯聚而來，但也有一些大名，比如島津藩故意找借口遲緩出兵。
大本營，元老會議室，元老們因為突發的長崎事變已經被緊急召集起來，這一次元老會議中多了阿海和馬東來兩位年輕的角色，李明勛今年初就召集了他們前來大本營述職，按計劃，先工作適應一段時間，繼而接管執政總院。
“北洋艦隊送來的消息是，在日本軍隊完成合圍之前，所有人已經完成撤離，艦隊已經隔絕了五島和九州之間的聯絡，魏柏年正在聯絡各方船只，將僑民運送到大本營安置。”阿海向眾人介紹日本的局勢，簡單總結了一下。
桌上擺著報紙，頭版頭條都是關于日本的，屠殺、大屠殺之類的字眼充斥著人們的眼球，李明勛問道“輿論情況如何”
“整體的輿論是要報復，但這是元老院尚未有決斷的情況下，這逼迫我們盡快拿出決策來，國內的商人階層正在引導輿論，有些人主張戰爭報復，有些人主張外交協商，但都要求介入日本。”馬東來說道。
元老們很清楚，合眾國進行海洋貿易的商人或者商業組織，三分之一與日本有貿易往來，不然日本也不會是合眾國第一貿易伙伴，無論是戰爭還是外交，這些商人都不想失去日本這個貿易伙伴，目的都還想繼續做生意以維護自己的利益，他們最擔心的是，合眾國與當年的葡萄牙、西班牙一樣，就此退出日本。
“出島的荷蘭人呢，他們現在如何”林誠隨口問了一句。
阿海道“在事件發生后，長崎奉行派人保護了出島的荷蘭人，但是據我們的情報，荷蘭人一個沒死，而且所有的高層提前都離開了出島，說是去外海垂釣。”