大雨如注，縱然是白天，江面上依舊是昏暗一片，一里開外便是看不清楚，清軍水手用力的劃槳，而整齊的號子聲和槳葉拍打江面的噪音，都被大雨所掩蓋，王燝站在一艘加列船的船頭看向遠處的崇明島，崇明縣城和港口被燈火籠罩，一片火光，而在港口與航道之間，則是兩串珍珠一般的亮點，連接成線，王燝很清楚，那是鄭軍布設在上游的警戒船只。
“升旗，突入港口，不要與敵糾纏”王燝大聲下令，他已經感覺自己奪得先機，勝了一半。
不足一刻鐘，鄭軍警戒的船只率先開炮，驚醒了崇明周邊所有的船只，然后在港口警戒的船只不管不顧的沖撞而來，兩軍船艏火炮不斷開火，清軍陣列嚴整，沖鋒在前的全部是加列戰船，炮擊、沖撞、越舷先登，直接沖破了鄭軍的封鎖，加列船稍稍緩行，七八艘火船便是沖進了崇明港口，撞出一團又一團的火球。
而在連綿不絕的火光之間，有近十艘船只如浴火鳳凰一般沖了出來，其船上的船帆和纜繩已經著火，到處是忙碌的人，這些是舟山明軍從魯監國時代繼承而來的加列戰船，碩果僅存的九艘，此時沖出滿是火焰的港口，向下游而去，王燝下令放棄港口目標，追擊而去。
歷來，王燝都被滿清視為，或者精確的說，是宣傳為善戰之將，屢挫東番，但總是拿不出手什么像樣的斬獲公示，王燝如今看到機會，只要俘獲幾艘東番建造的加列船，那將是無人可以磨滅的戰績，江南水師順流追擊，燈火一串一串，照亮了長江的主航道。
鄭成功手持一把樸素的佩刀，盤腿坐在一艘舢板的船頭，任憑冰涼的雨水透過斗笠，流入衣甲之間，鄭成功閉著眼，在冷風之中回憶著上一次進入長江的時候，那是十幾年前，在蕪湖，在銅陵，那一次，他身披鎧甲，駕駛舢板橫掃投順滿清的叛軍，那時候他還只是一個朝氣蓬勃的年輕人，李明勛也是，十幾年過去了，二人的權柄已經不可相提并論，二人的功績也是如此。
“是時候結束這一切了，這一戰，我鄭成功，必將冠絕天下”鄭成功心中暗暗發誓。
號角聲穿過海面，深沉的聲音敲打著鄭成功的耳膜，驚醒了這位蟄伏許久的延平王，他站起來，看著江面上，甘輝率領的戰艦已經只剩下七艘，而屁股后面則是近百艘大笑戰船，鄭成功只看了一眼，便知道，這是滿清江南水師的主力。
此時雙方主力艦隊已經航行到了崇明島中部水域，崇明大規模的早島運動在崇禎十七年便是結束了，在北面，因為合眾國與江南士紳修筑的大堤，海岸線已經固定，但島嶼南側，卻一直沒有堤壩，處于主航道的南線因為淤積的緣故，有大量的港汊和小河與崇明內部連接，而如今鄭藩的舢板就布置在這些蘆葦密布的地方，隨著一聲號炮沖殺出來，足有二百多艘，密密麻麻的沖向了清軍的江南水師大船，布置在舢板上的除了槳手，便是鄭成功倚重的陸戰主力鐵人軍，這些身披鐵甲的強壯士兵，用抓鉤勾住清軍的大船，攀登而上，提刀沖入人群，便是掀起一陣腥風血雨，個士兵不消半刻鐘就是清理完加列船的上甲板，滿地的尸身和斷指殘體，宛若殺神一般。
裝滿了火藥的瓷雷被扔到了下甲板，把下面的清軍士兵和槳手炸了個血肉模糊，幸存者七葷八素之際，那些殺神已經躍下，狠命斬殺起來，有些戰船上，清軍的反擊很強烈，鐵人兵跳下甲板，便是被火繩槍打中，幾次沖鋒不得，便是扔下裝滿油脂的陶罐，點燃之后棄船。
戰艦里的清軍被火燒的哇哇亂叫，不少人扔掉船槳，從劃槳口鉆出來，卻是被守在外面的鄭軍用長矛刺殺，舟山明軍在舟山抗爭這些年，雖然略有戰績，但因為被封鎖，日子著實辛苦，此時占據上風，更是狠心陡起，他們故意不擊沉著火的清軍大船，封死所有出入口，甚至把一些跳出來的清軍扔回著火的船上去，任憑他們被燒死、嗆死。
崇明水戰進行了一整個下午，暴雨漸漸歇止，卻更是澆不滅戰火，雷聲消失，取而代之的是隆隆炮聲，在鄭成功的指揮下，滿清江南水師的大型戰艦沒有一艘逃跑的，而甘輝率領的主力艦船則沖破清軍戰團之后，逆流向上而去，在崇明港口，蘇松兵馬正在攻打崇明，甘輝率領的加列戰船直接把滿載著士兵和補給的各式運兵船撞翻在水面之上。
永歷十二年十一月末，鄭軍在崇明大勝清軍江南水師，得勝之后，直接沿長江攻擊，十二月初便是抵達瓜州渡口，清軍江北的軍隊早已問訊趕至，卻是被鄭軍大敗，殲敵兩千余，這些援軍都是來自江北綠營的汛地，江南精銳被抽調一空后，這些臨時被趕到瓜州的是正經的腹里弱兵，破敵之后，鄭軍派遣艦隊火燒浮動木城三座，斬斷橫江鐵鎖，徹底破除了清軍的江防工事，在瓜州克復之后，鄭軍獲得了第一個投降的滿清大員操江巡撫朱衣助。
鄭軍順勢南下登陸長江南岸的鎮江府境內，在銀山一帶，鄭軍精銳的主力擊敗了滿清江寧巡撫率領的援兵，這一戰讓鎮江守城軍失去了抵抗意志，守將與知府獻出了鎮江城，而借助下游的大勝，張煌言已經率領前鋒抵達了南京城下，張煌言沒有贏得預料中的傳檄而定只得繼續往上游而去，安撫招降各地。