隨著號角聲響起，合眾國騎兵組織了攻擊，巴海率領的騎兵中以龍騎兵為主，輔之以部分輕騎兵，巴海組織龍騎兵繞行清軍左翼，攻擊其騎兵，龍騎兵在馬上以燧發槍射擊，無論射程還是殺傷力都遠超對面滿洲八旗手中的角弓，八旗騎兵白白挨打，只得沖擊近前，以騎弓射之，龍騎兵退后，輕騎兵上前，列陣騎墻兩道，輕易便是撕碎了清軍的少量騎兵。
而面對規模巨大的步兵大陣，巴海沒有以卵擊石，而是命令騎兵后撤，沿途收攏清軍遺留的火炮，這些火炮因為不能過浮橋而被拋棄，但是大部分都被清軍損壞，只得可以用火炮六門，幸好，巴海聯絡上了被阻隔的烏穆部，接洽之后，接應了兩個飛騎炮連過來，使得巴海麾下有紅夷炮三門，大佛郎機三門，四磅炮八門和輕型榴彈炮四門，巴海以炮轟擊清軍大陣，清軍營中多是劈山炮等一類的小炮，反擊而不得，而陣列又是臨時組建，士兵無遮無攔，在榴彈和霰彈的攻擊下，很快大潰。
清軍不論滿漢，不分八旗還是綠營，紛紛跑向浮橋逃命，搶奪船只，有些人甚至索性跳河逃命，龍騎兵下馬列陣，用燧發槍齊射把萬余清兵壓到了河邊，一排排的齊射打倒成百上千的人，河流為血染紅，尸體飄流而下，而清軍大亂之下失去秩序，浮橋承受不住，直接崩斷，而此時，飛騎炮也靠到岸邊，以霰彈覆蓋河邊清軍，清軍如同麥草一樣成片倒下，有些人想要投降，跑向岸邊，也是被燧發槍射死。
一直到龍騎兵和炮兵都沒有了彈藥，射殺才是作罷，整個河岸尸體遍地，清軍自相踩踏之間亦然死傷很多，巴海所部殺五千余，俘近八千，亦有數千人、尸落水不知所蹤，也成為福建之戰最大的斬獲，唯一可惜的是，岳樂登船離開，派一章京穿其衣甲、舉其大纛指揮，方逃得性命。
烏穆率領大軍趕到的時候，清軍已經燒了河對岸的船只、碼頭和剩余浮橋，直接往杉關而去，陸軍四處搜羅船只、打造木筏渡河，清軍毫無抵抗意志，渡河過去的擲彈兵和獵兵打散了部分綠營，集結隊伍撲向杉關，杉關依杉關嶺而建造，左有豬石山，右面是黃狗嶺，南北山脈綿亙不決，與仙霞關不同，杉關不僅在夾山筑關城，還在山脊之上修筑城墻，號稱一夫當關萬夫莫開。
岳樂率領殘軍退入江西境內，他很清楚，如果杉關不保，那么就造成江西與福建二省的陸軍合兵一處，屆時再難抗衡，于是親自挑選滿漢八旗四千余，鎮守杉關，同時調遣各路兵馬會剿入贛之合眾國軍，隨著江南、北方各路綠營兵相繼趕到江西，在江西加派的餉銀補足了欠餉，江西境內逐漸穩固了下來。
陸軍猛攻杉關數次，皆是不克，杉關地形險要不說，道路也是極為狹窄，根本展不開兵力，合眾國賴以為生的步兵大陣和步炮協同也施展不開，幸好烏穆也不只拘泥于杉關一地，分別派遣兵馬奪取武夷山主脈上的九大隘口，此非入閩主要道路，清軍疏于防范，許多關隘沒有駐防兵馬，有些駐防兵馬甚至不知八閩局勢，以至于被陸軍輕易攻克，只是這些關口非大軍可出入之地，因此遠不如杉關交通便利。
隨著雨水增多，入贛的陸軍和陸戰隊相繼撤回福建，在內陸作戰困難重重，補給不便，東南戰區先是堵住入閩的幾個關口，繼而分派兵馬占據八閩各州府，在邵武府和建寧府形成兩大重兵集團，由烏穆和李山分別統帥，此后，東南戰區又進行了幾次規模相對較小的軍事行動，也都是趁著清軍在浙江兵力不足而大行攻占地盤。
李山率領陸軍從仙霞關入浙江，收復衢州全境，又入金華府，卻是不戀戰而南下處州，陸戰隊也不急于收復福寧州，反倒是從浙江溫州登陸，最終與陸軍在處州府合兵一處，并得以勸降浙南和閩東北的大部分清軍，軍事行動一直持續到永歷十二年的七月，多尼率領主力趕到江寧為止，而此時，合眾國不僅光復除卻杉關之外的八閩全境，還向北占據浙南的衢州、處州和溫州三府大部分，而舟山的鄭藩也趁著浙江清軍收縮之際，占領了臺州和寧波部分州縣，但隨著多尼大軍趕到，又是主動放棄了。