晉藩的軍隊在耿繼茂屁股后面一路猛追，逼迫其放棄所有的軍需物資和重型裝備，特別是在增江邊，顧榮率領的內河艦隊的一支，僅憑舢板就是突襲了靖南藩打造的浮橋渡口，七座浮橋燒毀了五座，讓三漢藩的渡河能力大為降低，未免全軍覆滅，三漢藩連戰馬都是棄了，讓士兵先渡江前往廣州，晉藩在增江東岸光是戰馬就繳獲了一萬七千多匹。
四月中旬，劉文秀和杜永和兩部合兵三水縣，把兩廣總督李棲鳳部團團圍困，李明勛與李定國親率盟軍抵達了廣州城北，半個月的時間，盟軍在廣州周邊聚集了超過八萬精兵，而敵對的三漢藩加兩廣總督部加起來也只有不到六萬人，抗清力量取得了兵力和技術的雙重優勢。
廣州圍城戰暫未開啟，陸軍集中重炮支援三水，先打下三水，將盟軍合兵一處，而海軍則與明軍各部水師一起，清理珠江航道，為廣州圍城戰打造成本最低也是最便捷迅速的后勤手段。
清軍依舊在反擊，對內河艦隊造成困擾的不再是同樣駕駛槳帆船清軍水兵，而是本地的水鬼和漢藩釋放的火攻船，清軍在漁民之中招募水鬼，重賞之下，不少漁民應募，手持鑿子和錘子的水鬼潛伏在航道中，鑿沉戰船，一艘舢板便是能換五十兩銀子，尚可喜給加列船開出了一千兩的高價，可是柚木打造的加列船不是水鬼可以輕易鑿穿的，但水鬼也造成了很大的損失，黃蜚把擒殺的水鬼不論死活的掛在加列船兩側示眾，還派遣士兵上岸，把水鬼的親屬一股腦全抓了砍頭，血腥震懾住了貪婪，水鬼威脅變小。
而火攻船與海戰中使用的不同，這些由漁船、筏子改造來的火攻船上根本沒有人，裝滿了可燃物點燃順流而下，大部分時候，都無法造成損傷，加列船會用重霰彈擊沉火攻船，而舢板小船要么躲避，要么用長桿推開，倒霉的是臨水而居的本地居民，不少人家的船只、房舍就在河邊，被四處亂行的火攻船點燃不少，惹的民怨沸騰。
對付水鬼時還鐵血無情的黃蜚祭出重賞的法寶，但凡拖拽一艘火攻船到岸邊銷毀，便能領取二十兩的白銀，一時間，珠江主航道里，上百艘民船出沒，等著廣州方向飄出火攻船。
漢藩沒了招數，只能撤退，黃蜚率領內河艦隊北上，直撲獵德炮臺，這座炮臺駐扎了近千清軍，以綠營為主，陸戰隊還未出手，獵德炮臺便是投降了，登陸的瓊藩水兵一看，炮臺里沒有幾門火炮了，大部分的火炮送往了海珠、海印兩座炮臺，那是廣州下游最后一道防線。
兩座炮臺都是江心島，而且不是沙洲是白堊紀時期的巨石，清軍圍繞海島修筑了城墻，在礁石上布設了炮臺，兩島周邊還有隱藏在水面下的礁石和各類淺灘漩渦，別說風帆戰艦，就連快蟹都輕易靠近不得，平靖二藩分別駐守一座炮臺，勸降是肯定不行了。
陸軍出動了工兵參與了進攻，在重炮不能發揮威力的情況下，爆破是唯一的道路，最先遭遇攻擊的是海印石上的東水炮臺，工兵趁夜對圍島城墻進行了爆破，因為使用的是繳獲清軍火藥，所以用量充足，不僅炸塌了城墻還把萬歷年間建造的海印閣震塌，大量漢藩兵死于爆炸產生的沖擊波和巨響，就連廣州城中都引起了騷亂，爆炸之后，擲彈兵等上炮臺，把混亂中的清軍殺死。
對海珠石爆破就沒有這么順利了，清軍加強了戒備，但海珠石長不過百米，最寬處也不過五十米，駐扎的士兵不多，各部采取佯攻、爆破等手段連番騷擾，每次都由獵兵出擊狙殺清軍，連攻半個月，清軍死傷過半，又得不到支援，最終被瓊藩的水兵淹沒，與海珠石一起攻破的還有三水縣城，如此，目標只有廣州一城，珠江水道完全對盟軍一方開放。