水戰從獅子洋打到了伶仃洋，數百艘大小戰船來來回回亂戰，在平緩的珠江入海口，如此多的戰艦幾乎談不上什么指揮，亂戰中，火槍比火炮更管用，乘坐舢板小船的明軍手持火繩槍，突然逼近，打一輪齊射，便是脫離，在戰場上耍的不亦樂乎，加列船這類大型槳帆艦有些轉圜不開，只得是哪里船多沖哪里，用堅固的船身當炮臺，在敵群中迸發出了充足的戰力，但是面對火攻船也只能飲恨。
內河艦隊的士兵多是明軍，瓊藩和鄭藩居多，也有不少原舟山藩鎮的人加入其中，這些人踴躍參戰，全因海軍開出的厚賞，斬首一級便是賞賜三十兩，擒獲一艘戰船便是百兩，明軍清苦人盡皆知，此番厚賞，也是嗷嗷直叫，有些沒船的清軍甚至借著陸戰隊上岸休整的機會，把陸戰隊內河艦隊的舢板、快蟹開走了，鏖戰之時，一些軍將跑去炮擊艦隊，把戰列艦和槳帆炮艦上的大艇、小艇和交通艇一股腦的強借了去，加入了戰團，盟軍水師聯軍中，會劃船的幾乎都參戰了，海軍一時都有些不知所措。
內河水戰打了一天，最后百十艘戰船追著清軍水師十幾艘小船在水面上狂奔，這一幕被大虎山炮臺上的清軍看到，隨意開了幾炮，對得起北京福臨給的軍餉，也就乘船跑了，清軍一下丟了航道中最后一個據點。
水戰之中，許龍被生擒，張國勛被殺，許龍被黃蜚親手斬下腦袋，傳首全軍，與首級一起派下去的還有海量的賞金，烏穆命令青龍號戰列艦的艦長在主桅桿頂桅上綁了一把笤帚，告訴所有人，我們已經把珠江口清掃干凈了。
主帥陣亡，虎門要塞人心惶惶，前線的博洛給虎門派遣了三百滿洲兵來，希望可以穩定軍心，威遠炮臺抵抗意志很薄弱，派遣使者前來請降，烏穆能給出的也就是銀錢、田宅等條件，而那位參將想繼續當官，無奈之下，把使者送到了黃蜚面前，黃蜚給守軍主帥開出了參將銜，另有三千兩賞賜，瓊州五百畝上好水稻田，當晚，那綠營參將率軍與新來的滿洲八旗太君大打了一場，用三十多個滿洲人頭多換了兩千兩的白銀，黃蜚率人攻占了威遠炮臺，并且在兩日后圍困了虎門要塞。
虎門要塞還算堅固，滿洲兵和平藩的藩下兵防守，進攻要塞的是鄭彩部，烏穆支援了他一個營的陸戰隊，并且把臼炮艇交給了他，烏穆的目標可不是虎門，虎門的東面和北面是大嶺山，這里早已不是清軍廣州通往深圳大營的糧道，想要斷清軍脊梁，還是要攻占東莞，只要攻占東莞，憑此雄城和遼闊的東江，深圳與廣州的聯系就徹底斷了。
烏穆把軍隊分為兩部分，其中一部分是陸軍第二師的一個旅和一個騎兵團，匯同舟橋、炮兵和工兵，與黃蜚部一起登陸，由多亞指揮，從陸地前往東莞城，而他與黃蜚親率水師繼續從珠江航道北上，烏穆的意圖很簡單，先切斷廣州與東莞、深圳的聯系。
深圳大營需要的各類物資從廣州出發，無論如何都要渡過東江才能前往深圳，而東江入口因為在珠江三角洲，港汊縱橫，在珠江主航道，自然需要渡船，而在一些輔航道和港汊則用橋梁居多，烏穆把內河艦隊編列，從中挑選排水量較小的快蟹、長龍和舢板，進入小航道，遇到浮橋、渡口燒掉，橋梁拆的只剩橋墩，而黃蜚則率領加列船這類大型劃槳船進入珠江東航道，隔絕東西交通。