率部來會。四月，科爾沁、扎魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部的臺吉會于西拉木倫河岸，總兵力約10萬。此時，鑲黃旗兩個蒙古人偷馬逃出，將大軍壓境的消息報告給林丹汗。當時林丹汗駐帳于宣府邊外，聽說后非常震驚，于是率眾西奔。皇太極分兵三路窮追林丹汗41天，五月下旬進駐歸化城，得知林丹汗已渡黃河而去。遂停止追擊，經宣府、張家口返回。途中收攏了林丹汗所遺部眾數萬人。
林丹汗亡命青海，逃難過程中部眾大量流失，1633年四月，兩翼大總官塔什海、虎魯克寨桑投降后金。六月，巴達西寨桑等5個頭目率千余戶投降。同時又缺少糧食，甚至到了“殺人易食”的地步。1633年，林丹汗五次攻掠明邊，1634年，更是連續在三、四、五月出兵，閏八月甚至和洪承疇交手，都是為了獲得糧食。他在青海時，與漠北外喀爾喀的綽克圖臺吉（卻圖汗）、西藏的藏巴汗、康區的白利土司月頓多吉結盟，因為他們都不信仰黃教，所以被稱為“反黃教聯盟”。林丹汗試圖利用這個聯盟東山再起。可是天不假年，就在1634年夏秋之際，林丹汗因天花死于青海大草灘，結束了叱咤風云的一生。
后代降金
林丹汗病故后，林丹汗的遺孀們及他的兒子額哲率領余部自青海大草灘返回河套地區，漠北外喀爾喀的車臣汗碩壘致函額哲，希望他移帳漠北。這時，皇太極于1635年二月命多爾袞、岳托、薩哈廉、豪格領兵1萬，第三次遠征察哈爾。三月，多爾袞在西喇珠爾格地方遇到林丹汗的大福晉囊囊（娜木鐘），得知額哲所在地。四月二十日，后金兵渡過黃河，四月二十八日，后金兵趁著大霧包圍了額哲營帳，并派蘇泰之弟南楚勸降。于是蘇泰、額哲母子奉傳國玉璽出降，蒙古帝國正式宣告滅亡，漠南蒙古也全部收歸后金版圖。皇太極得此傳國璽，又被以額哲為首的漠南蒙古四十九個封建主尊奉為“博格達徹辰汗”，乃于翌年建立大清帝國。
后來，清朝統治者將察哈爾部安置于義州，分設左右翼察哈爾八旗，封額哲為親王，并將皇女馬喀塔格格嫁給他。康熙年間，林丹汗的孫子布爾尼舉兵反清，旋即失敗，后嗣斷絕。
為政舉措編輯
政治
林丹汗即位后，面臨汗權衰落、各自為政的局面，著手強化中央集權。據《金輪千福》記載，“他（林丹汗）把八鄂托克察哈爾分置左右各三土綿，在阿巴海哈喇山中建察漢浩特，用六萬戶剛健之軍加以統治，把持著強勢具備的朝政”。也就是說，林丹汗按照北方游牧民族傳統將察哈爾本部分為左右兩翼六個土綿，即阿哈固山、竇土門固山、高爾固山、哈納固山、中軍萬戶與阿喇克綽特萬戶。