除此之外，林丹汗還利用“圖們大法”約束諸部（即《圖們汗法典》）。任命永謝布部的卻熱斯塔布囊為大汗的代表，管理右翼三萬戶蒙古諸部，任命內喀爾喀炒花（烏濟葉特）部的錫爾呼納克洪臺吉輔助大汗管理左翼蒙古諸部，1617年在巴林境內的阿巴嘎哈喇山建察漢浩特（今內蒙古赤峰市阿魯科爾沁旗）作為政治中心，令諸部首領到此朝覲、納貢與議事。
文化
林丹汗篤信藏傳佛教，林丹汗一生熱衷于佛教事業，不僅推動了藏傳佛教在左翼三萬戶地區的傳播，而且為蒙古文化作出了一定的貢獻。1604年，剛即位的林丹汗就從四世□□派駐蒙古地方掌管教法的邁達理呼圖克圖和卓尼綽爾濟等黃教喇嘛接受了格魯派（黃教）的法戒。
1617年，西藏薩迦派僧侶沙爾呼圖克圖到達蒙古地區，尋找自己的支持者，林丹汗為沙爾呼圖克圖的法術所折服，并封他為國師，并接受深奧密乘之灌頂，于是林丹汗由黃教改信紅教（狹義上的紅教僅指寧瑪派，廣義上包含了薩迦派和噶舉派）。沙爾呼圖克圖為了取得林丹汗的信任，從五臺山取來元世祖時薩迦派八思巴喇嘛用千金所鑄的瑪哈噶喇金佛（又稱大黑天，為蒙元的護國神）。林丹汗在察漢浩特修建金頂白廟，將金佛供于其中。林丹汗試圖效仿忽必烈與八思巴故事，利用他與沙爾呼圖克圖之間的關系來樹立自己的權威。然而適得其反，這加劇了信奉黃教的蒙古諸部的離心，削弱了林丹汗的號召力。
林丹汗西遷后，召集昆噶敖德斯爾、班第達顧實、阿南達顧實為首的33名學者，在1628—1629年間翻譯了108卷《甘珠爾》（前人已翻譯過其中一部分），并用金字抄寫在藍紙上。林丹汗組織翻譯《甘珠爾》是對蒙古文化的一大重要貢獻。林丹汗把傳國玉璽和瑪哈噶喇金佛、金《甘珠爾》視為三大法寶。
林丹汗在1612年與1615年攻打明朝，試圖獲得與明朝的貿易權，最終在1617年如愿以償。1618年，后金侵明，林丹汗為了獲得明朝的賞銀，奉行“聯明抗金”的外交方針，并在1619年給□□哈赤寫了一封言辭傲慢的國書，導致與后金交惡。不過，林丹汗與明朝結盟并未擋住后金對遼東的吞噬，1622年明朝在廣寧之戰敗北，林丹汗的援軍沒起作用，此后兩者間的聯盟冷卻下來。林丹汗也開始實行攘外必先安內（“先處里，后處外”）的政策，開始火并科爾沁、內喀爾喀諸部，并且避免與后金正面交鋒。所以林丹汗從未親自與后金作戰過。
1627年，林丹汗西遷，吞并右翼諸部（哈喇慎、土默特、鄂爾多斯、永謝布等），其中一個重要目的是獲得明朝給右翼諸部的“市賞”。明朝不給林丹汗，林丹汗乃發兵進犯大同，明朝不得不恢復對林丹汗的賞賜。后金利用林丹汗西遷之機，吞并了察哈爾本部，并于1632年大舉進攻林丹汗，林丹汗聞訊遠遁青海。他與明朝的關系徹底破裂，明朝甚至將林丹汗遺留的財物及部眾移交給后金。后來林丹汗與西藏藏巴汗、康區白利土司月頓多吉和喀爾喀綽克圖臺吉（卻圖汗）結成“反黃教聯盟”，企圖東山再起，但很快于1634年去世。
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