萬歷十六年夏，李贄為芝佛院的常住客戶和職業作家。當書寫到高興處，索性剃發留須，故意擺出一副“異端”面目，儼然是個搞學術的老和尚，如此便是十年。
曾經有工部尚書劉東星親自接李贄去山東寫作，歷史學家焦竑替李贄主持新書發布會，文壇巨子袁氏三兄弟跑到龍湖陪李贄一住三個月，當時意大利傳教士利馬竇和李贄進行了三次友好的宗教交流，全國各大城市輪流邀請李贄去做訪問學者。
李贄一開壇講學，不管哪座寺廟，還是深山老林，和尚、樵夫、農民、甚至連女子也勇敢地推開羞答答的閨門，幾乎滿城空巷，都跑來聽李贄講課。一下子，李贄成了橫掃儒、釋、道的學術圣賢。
李贄對神州大地傳統思想造成了強烈的沖擊，于是就被當地的保守勢力視為異端、邪說，群起圍攻，要把李贄驅逐出境。
眾人獨濁我獨清，眾人獨醉我獨醒。當清醒成為一種特立獨行的舉止時，那清醒也被誣蔑為一種錯誤。但李贄十分干脆的旗幟鮮明宣稱自己的著作就是離經叛道之作，并堅定表示我可殺不可去，頭可斷面身不可辱，毫不畏縮。
萬歷二十五年，李贄應巡撫梅國楨之請往山西大同，著孫子參同，修訂藏書。秋日到北京，住在西山極樂寺，撰成凈土訣，次年春天到南京，將自己的零星著作匯成老人行，并再度研究易，撰寫易因，最后編訂其巨著藏書。
這一次所編訂的藏書共六十八卷，系紀傳體史論，論述戰國至元亡時歷史人物約八百人，對歷史人物作出了不與傳統見解茍合的評價，旨在反對儒學。如儒者因為秦始皇尊法家而大罵其為暴君，而李贄則是直接贊揚秦始皇是千古一帝，儒者大罵女帝武則天不安于室牝雞司晨，而李贄則贊嘆武則天是政由己出，明察善斷的圣后。
秦朝，咸陽宮。
秦始皇嬴政神色略顯愉悅，對著底下大臣便言道“這李贄倒是個大才，只可惜是出生在那明朝。”
武周朝的女帝武則天更是大為贊言李贄是個有眼光和有遠見之人才，但就是可惜不曾生在她執政的王朝。
當然這并不是說儒者都是一些酒囊飯袋之蠢貨，要知道儒者有圣賢和腐儒、君子和小人之分，這大罵李贄者便皆是一些腐儒小人罷了。
已經或者是正在準備對李贄破口大罵的眾人“”
還不曾做出這等事情的人趕緊就懸崖勒馬，至于那些已經大罵特罵的，要么硬著頭皮自欺欺人裝失憶說自己沒有做過，要么就是腆著臉去登門拜訪與李贄賠禮道歉。
當然最好就是能冰釋前嫌，順便再交個朋友，讓西王母娘娘知曉他們是真心悔過的。
萬歷二十八年，李贄在山東濟寧編成陽明先生道學抄、陽明先生年譜。萬歷三十年，禮部給事中張問達秉承首輔沈一貫的旨意上奏神宗，攻訐李贄。最終以敢倡亂道，惑世誣民的罪名在通州逮捕李贄，并焚毀他的著作。
李贄入獄后，他坦然說道名山大壑登臨遍，獨此垣中未入門。病間始知身在系，幾回白日幾黃昏。后來聽說朝廷要押解他回福建原籍，他感慨地說我年七十有六，死以歸為三月十五日，李贄留下一偈壯士不忘在溝壑，烈士不忘喪其元。以剃發為名，奪下理發師的剃刀割斷自己的喉嚨而死，享年七十六歲。
李贄死后，馬經綸把他收葬于北京通州北門外馬寺莊迎福寺側，于是李贄思想和他的墓地一同流傳后世，甚至被著重保護起來。
萬歷三十八年，李贄的學生汪可受，以及梅掌科、蘇侍御捐銀錢為其樹碑。
不過后世興起一次批林批孔運動中，李贄被當作尊法反儒的英雄，加以推崇，他的著作被劃歸法家，這又是一個另類的法家大才。
戰國晚期。
儒家的荀況已經是從先前那些神龍所展示歷朝歷代之景象得知自己最為看重的兩個弟子韓非和李斯，后來都成了響當當的法家代表大才。
這可是真是讓包括荀子和韓非李斯這師徒三人在內的眾人皆感大驚。