第一，向海洋擴張原動力的日益消失，應該是促使水師衰落的最明顯也是最直接的原因。
這就得說一說，當初大明水師是如何強大起來的。
日本海島的海上威脅、海外貿易的高額利潤、人口向東南遷移而引起的對東南沿海防務的重視、為了消滅張士誠與方國珍的海外殘余勢力等等原因，構成了明初水師發展起來的動因。
后來就是為了對付倭寇。
而在明朝水師的重重打擊下，倭寇遭受重創。據載，十五世紀中葉，倭寇入侵只有十四次，其中十次被粉碎，倭寇不敢再大規模地進犯。
加上中日“堪合貿易”明代外國來華進行朝貢貿易的一種稱呼，也稱為“貢舶貿易”的興起，這樣倭寇組織者便等于有了合法的貿易渠道。
倭寇的威脅逐漸貌似不足為慮了。
在鄭和的武力鎮壓，以及明朝的招安下，以東南亞為基地的中國海上流民被消滅，尤其是陳祖義被消滅后，他們或投靠明廷，或銷聲匿跡。
這就意味著，自南宋開始形成的南洋華人貿易網被粉碎，已無法構成對大陸的威脅。不管是在海防安全方面，還是在貿易壟斷方面。
必須承認，海上遠征所帶來的光榮是巨大的。但也必須承認，朝貢貿易的利潤很快便消失了。
隨著明朝軍力的下降，和紙幣的貶值等原因，明朝廷再也無法用強行壓價和支付紙幣來賺取利潤。
舉一個簡單的例子1433年明朝能用半貫紙幣買到時價550貫的香料，能用50貫紙幣購買一兩黃金，而官方兌換率是400貫。但在1453年當香料市價58分白銀時，明廷需付7分現銀，朝貢貿易已經無利可圖了。
當沒有利潤可圖時，海洋擴張的源動力自然消失不見。
第二，沿海一帶人口的減少，也是水師衰落的一個重要原因。
長達三個世紀的向東南沿海的人口大遷移停止了，大批人口回流內陸，比如浙江人口從1050萬降至530萬，福建人口從400萬降至200萬，廣東人口從300萬將至200萬。
人口和經濟中心的北移，使得向海洋擴張的壓力大大減輕。
這一時期的一系列變動，使得明朝對海洋的興趣減少、缺乏刺激，水師衰落似乎不可避免的了。
水師衰落的第三個原因，明朝把資源投向其他方面。
倭寇的威脅固然是巨大的，但絕不是致命的，大明最大的威脅來自于蒙古高原的游牧騎兵。
洪武和永樂皇帝時代的遠征，使得蒙古人遭到重創，并發生了分裂。
但當明朝軍隊逐步衰落之時，他們開始發動了對明朝的反擊。
公元1449年，蒙古軍隊俘虜了明朝皇帝并直逼京師，防范來自于北方的威脅成為大明王朝的戰略中心，因此必然在海洋方向撤退。
大多數明朝官員們，不僅不了解水師的重要性，反而挪用本該用于水師的資源。
大運河開通后，他們把水師調往運河運輸糧食，水兵變成了運輸工人。
沿海士兵七成以上被派去種地，三成被派去造船，大批水師人員被調往京城修建宮殿，本該用于海防的人力被運輸業、農業、建筑業所占。
最為可氣的是，短視的皇帝們大量挪用水師餉銀。