這個劃分，解決了大部分情況下的主官爭議。
那就是平時除了明確屬于軍令的事務外，以護軍作為主官。
戰時所有軍務都為作戰服務，可以說都屬于軍令，完全以將領為主官。
群臣對此議論紛紛，有的人覺得這樣劃分很明確，有利于作戰指揮。還能在平時約束將領的權力，讓將領不至于坐大。
有的則認為皇帝給將領的戰時權力過大，如果有野心的將領以進入戰時狀態為理由掌管全部軍務，還是有可能發動叛亂的。
他們認為戰時軍政事務也要由護軍主導處理，就像平時軍令事務由將領主導一般。
對此，朱由檢道：
“戰時護軍就是監軍，有監督將領執行軍令的權力。”
“如果主將推委不前，護軍有權催促，甚至以違背軍令解除主將職權，按指揮順序由其他將領替代。”
“將領的權力在戰時也是受到監督的，不能為所欲為。”
又語重心長地對群臣道：
“軍隊雖有作戰責任，但是大部分時候，還是在和平狀態，護軍在大部分事務上都能作為主官。”
“如何區分平戰，還有如何劃分軍令軍政事務，都是諸位的責任。”
“在防止主官肆意妄為、發動叛亂方面，是需要眾卿認真考慮的。”
這讓群臣認識到，皇帝還是傾向于讓護軍掌權的。只是作戰的事情到底不是兒戲，需要給前線將領放權。
想著護軍在戰時作為監軍權力也不小，他們接受了這個說法。決定嚴格劃分平時的軍令事務，并且對進入戰時狀態嚴格限制。
朱由檢聽著他們的討論，感覺這些文官出身的樞密院官員還沒有把自己完全當成軍官，更多的是站在文官立場上思考問題，而非一切為了作戰。
這讓擔心作戰受到影響的他，明確道：
“交戰戒嚴區域，可以說隨時都在準備作戰，軍中以將領為主官。”
“邊疆遭到入侵時，將領可立即宣布進入戰時狀態，抵御敵人入侵。”
“內地則需要上級命令，或者和護軍聯合確認，或者召開集議會通過，方可宣布進入戰時狀態。”
“現在討論一下，軍中集議會成員，有哪些人？”
簡單粗暴地定下了進入戰時狀態的方法，又用集議會成員的事情轉移群臣注意力。
群臣對這點果然更加關心，提出各種意見。
有的認為應該以品級決定，有的認為應該以上級指派，各種意見不一。
最終，朱由檢決定道：
“營級以上必須設集議會，由包括軍事主官和參謀長在內的前三指揮順序將領，還有護軍、后勤主官組成。”
“如果所在地有錦衣衛鎮撫使或監軍御史，他們也可以加入集議會。”
“營級以下則是軍事主官和護軍主官，再加上參謀、后勤主官，以及作為士兵代表的士官長。”
“三人以上都應舉行集議，按少數服從多數、個人服從集體、下級服從上級、諸司服從朝廷，商議決策事務。”
這是仿照民主集中制的四個服從原則，朱由檢又具體道：
“集議會的成員一律平等，可以允許贊成，也可以允許反對，還可以棄權保留意見。”