集議制的推行，還影響到軍隊。
樞密院的文職軍官，認為軍隊也應該舉行集議，商議軍中事務。
而且在武將和護軍誰是主官方面，他們傾向于護軍：
“軍中召集會議，商議的多半是軍政。”
“應當以護軍為主官，擁有否決權力。”
這無疑將護軍凌駕在武將之上，朱由檢對此是不大滿意的。
然而此時的朝堂上，除了五軍都督之外，根本沒人為武將說話。
而五軍都督府又沒什么實權，里面任職的勛貴，也認識到不到這件事的重要性，根本沒有人站出來。
這讓朱由檢不得不親自下場，說道：
“軍中將領和護軍，都能稱得上主官。”
“但是兩者職責要有側重點，一個側重軍令，一個側重軍政。”
“軍令方面的會議，就以將領為主官。”
“軍政方面的會議，則以護軍為主官。”
“兩者不分先后，可以稱為雙主官。”
這種和稀泥的態度，無疑讓樞密院官員不滿。
樞密同知袁可立道：
“兵者國之大事，怎么能如此草率呢？”
“難道軍中出了事情，還要先分辨是軍令還是軍政？爭論應該由誰召集會議、確定誰是主官？”
軍令和軍政事務有時能輕易分清，有時根本分不開。
袁可立認為雙主官這種辦法太兒戲，根本不適合處理軍中事務。
朱由檢卻見過后世的雙首長制，感覺雙主官能夠磨合，確保無論是誰，都不能隨便帶著軍隊造反。
所以他對此很堅持，說道：
“雙主官是這次軍制改革的重點，以后所有軍隊都要實行雙主官，確保不被一人控制。”
“至于軍令和軍政的分別，可以想辦法解決。”
說著，他向袁可立等人道：
“作戰、訓練事務，毫無疑問屬于軍令，由將領主導處理。”
“軍官選拔、考功稽勛、教育、后勤，毫無疑問屬于軍政，由護軍主導處理。”
“今后樞密院和兵部下發的文件要明確，注明軍令和軍政分類。”
這解決了從上級而來的事務分類，至于日常事務，朱由檢把它們分為平時和戰時：
“平時除了明確屬于軍令的事務外，由護軍主導處理。”
“戰時則完全以將領為主官，一切以作戰勝利為中心，包括軍政事務處理。”
“護軍如果不分輕重在戰時爭權奪利，因此影響到戰事的，要受軍法審判。”