在傳位時把去世的太子定為皇帝，徹底確定帝系，這是穩固太孫繼承權的一個辦法，但仍有風險存在。
宗正寺少卿曾楚卿就指出：
“嫡長房繼承制下，不但嫡孫和庶孫的繼承順序在前，曾孫和玄孫的繼承順序，同樣在嫡長子同母弟和庶弟之前。”
“晉莊王七十七歲薨逝，曾孫晉端王繼位。”
“當今韓王，也是以世曾孫繼位。”
“若發生這樣的事情，臣恐天下不穩。”
朱允炆以太孫繼位帶來的后果，已經讓大明君臣心有余悸了。
若是再出來個曾孫繼位，他們心中會更加不安。
所以皇帝提出的確定繼承順位雖好，卻不能完全打消人們的疑慮。
尤其是將來若誕生曾孫，曾孫的名字出現在前五繼承順位上，會讓很多人不安穩——
有晉王和韓王以曾孫繼位的先例在前，誰都無法否認，會不會發生太子和太孫都亡故、只能由曾孫的情況。
一旦這樣的事情發生，對于天下來說，就可能是一場劫難。
而且朱由檢更知道，隨著醫療水平的進步，將來出現高壽的皇帝，是大概率事件。
熬死太子和太孫的可能，同樣會因此增加。
如果按照繼承順位立曾孫、尤其是幼年的曾孫，恐怕不但天下人心會不穩，皇帝的權力也有可能失去——
萬歷皇帝幼年繼位，導致張居正大權獨攬，文官權力達到鼎盛。以至于后來一直和掌權的文官做斗爭，最終也沒能完全奪回權力。
朱由檢之所以能夠順利掌權，還要感謝他的哥哥朱由校，用閹黨把東林黨打得七零八落，讓他能從容收拾文官。
這樣一個過程，朱由檢是不想讓后代再經歷了，所以他問群臣道：
“那么眾卿以為，應該實行哪種繼承制？”
群臣議論紛紛，對此莫衷一是。
有的還是傾向唐宋的嫡長子繼承制，認為古制最好。
但是更多人的卻反駁，因為一個嫡長孫，會讓嫡長子的位置不保險。
就像皇帝說的，禮法要防止人性之惡。害了嫡長孫就能讓嫡長子沒有繼承人，對嫡長子同母弟和庶弟的誘惑太大了，必須要防止這一點。
但是曾孫繼位的危險，又是實實在在的。皇帝畢竟不同于藩王，不能冒這個風險。
最終，劉宗周提出了一個辦法，得到了很多人贊同：
“臣以為若是太子有子誕生，陛下可立其子為太孫，和太子同時存在，作為第三順位繼承人。”
“若是太孫不幸夭折或亡故，可按繼承順序，立太子其他子嗣為太孫。”
“只有無子孫可立時，方可立曾孫、玄孫。”
這樣保障了太子的繼承權，也能在很大程度上避免出現曾孫繼位的情況出現。
朱由檢對這個辦法有點贊同，但他還是疑惑道：
“這樣就不完全是按嫡長房繼承制了，宗室、勛貴、文官蔭敘繼承辦法，是否同樣要改？”
有的人認為要改，因為皇室是天下典范，天下人都要模仿皇室。
有的人認為不能改，因為這樣對曾孫不公平。而且晉王、韓王都以曾孫繼位，難道現在說他們繼承非禮？