“他是一個有才能的忠臣，成祖對殺他很后悔。”
又因為卓敬已經被表墓建祠，朱由檢下令道：
“卓敬是忠臣，應該建祠表彰，禮部要追贈謚號，給于應有待遇。”
“大明無夷三族之律，若是他有后人存在，朕當封爵補償。”
這個態度，讓為建文君臣翻案的臣子，心情陡然一松。
因為皇帝這個態度，明顯還是要為建文君臣翻案的，只是對一些訛傳的事情不認可。
禮部尚書溫體仁這時也明白了皇帝的想法，主動出言說道：
“方孝孺同樣是忠臣，但是被誅十族之事，卻是子虛烏有。”
“臣以為當正本清源之后，再為方孝孺追謚。”
朱由檢點頭認可，他知道自己必須妥協。
方孝孺在民間的影響力很大，包括劉宗周等人，都稱贊他的節義。
如果不追贈他，建文君臣的事就會沒完沒了，永遠不會停歇。
所以他才決定正本清源，把事情明明白白地說出來。
就算是承認成祖殺戮太過，也好過任由誅十族流傳。
懷著這個想法，朱由檢道：
“方孝孺的事情，要明明白白理清。”
“待到查清楚后，徹底做出結論。”
“成祖當時的株連，或有濫用刑罰之處。”
“方孝孺的后人如能確認譜系，朕當封爵補償。”
“他和卓敬一樣，都是建文君的忠臣。”
這個態度，讓剛才凝重的氛圍，更加輕松起來。
劉宗周請求道：
“誅十族的事情，雖然子虛烏有。”
“但是相關圖書，卻不能一概查禁。”
“臣以為可由朝廷修訂，用新出版的圖書，代替有錯誤的舊版。”
朱由檢點頭認可，知道查禁所有涉及方孝孺的圖書，阻力會大到根本無法實行。
所以他下令道：
“有關方孝孺等建文君臣的圖書和文章，以后要以官方正史為準。”
“凡是與此抵牾者，應當盡皆修訂，否則不準流傳。”
“有擅自編造事跡流傳者，追奪出身以來文字，審訂所有圖書，本人流放海外。”
“例如李賢、祝枝山這兩個編造事跡的始作俑者，都要追奪出身和封贈，所著圖書都要修改后才能流傳。”
這個懲罰，相比之前的完全查禁松了一些，卻仍讓很多人心驚。
尤其是對李賢和祝枝山的懲罰，在大明前所未有，讓一些文人皺眉，本能地就要勸諫。
不過朱由檢卻不給他們說話的機會，盯著資政大臣朱國禎道：
“《三朝要典》之中，崔呈秀曾說"大獄未遂，《涌幢小品》先刊，此東林所由起于詭遇，盛于標榜"。”
“如今《三朝要典》正在重新編撰，《涌幢小品》有什么說法呢？”
“朱卿你來說說！”
《涌幢小品》是朱國禎的作品，是在天啟年間出版的，被閹黨借題發揮。
朱國禎聽到皇帝引用閹黨崔呈秀的言語，還把自己《涌幢小品》和《三朝要典》相提并論，一時怒氣勃發，忍不住就要爭辯。