理清楚了源頭后，朱由檢問群臣道：
“祝枝山《野記》不可信，李賢的《天順日錄》可信嗎？”
群臣啞口無言，沒有人為李賢說話。
尤其是《天順日錄》對景泰皇帝多有詆毀之處，被正直的大臣很看不起。
之前評選紫閣功臣時，李賢就被皇帝和群臣認定道德敗壞。如今景泰皇帝都被當今皇帝上廟號了，自然更沒有人為他辯解。
朱由檢見群臣如此表現，當即就下令道：
“《天順日錄》同樣應該禁毀，引用它的圖書，也要全部查禁。”
“李賢在永樂六年出生，他對方孝孺的記載，已多有訛傳之處。”
“更晚出生的人，又有多少可信呢？”
“劉先生編撰方孝孺傳，一定要注明史料來源，不要把以訛傳訛的內容加進去。”
這個命令下達后，群臣一時嘩然，知道若是按這個命令執行，有關方孝孺的圖書，基本要全部覆沒。
這讓他們覺得難以接受，很多人紛紛進言，認為不應當因為這一點，就查禁所有圖書。
朱由檢見到這個情況，怒氣勃發地道：
“不查禁這些書籍，難道要讓誹謗的文字流傳天下嗎？”
“建文之事，本來早有定論。”
“但是自《天順日錄》流傳以來，卻出現了異議。”
“尤其是誅十族之事，被祝枝山《野記》編造出來后，竟然堂而皇之地出現在《皇明通紀》等私修史書上，讓一些不學無術的文人，對此信以為真。”
“這樣的書籍不查禁，難道要讓它繼續誤導世人嗎？”
“成祖在世間的形象，就是被這些人敗壞！”
忿怒地罵了詆毀成祖的人一通，朱由檢又拿著《野記》罵道：
“還有這個編造誅十族的祝枝山，難道就不通禮法嗎？”
“他只知道十比九大，卻不知道相比誅九族，更嚴重的是誅三族。”
“劉先生你來說說，九族和三族都有哪些。”
劉宗周一向推崇方孝孺，此時見方孝孺被誅十族、甚至夷族都被皇帝否認，精神也受到了沖擊。
不過面對皇帝的問題，他還是收拾心情答道：
“九族者，上至高祖，下及玄孫，皆是同姓之人。《大明會典》有本宗九族五服正服之圖。”
“三族者，父族、母族、妻族。秦漢之法酷烈，有夷三族之令。”
“國初尚書夏恕嘗引漢法，請著律，反者夷三族。”
“太祖以為此法太重，故而沒有實施。”
“《大明律》所定謀反大逆律，株連祖父、父、子、孫、兄弟五族及伯叔父兄弟之子，年十六以上者。”
“故而本朝實無被夷九族者，被夷三族者唯有卓敬。”
卓敬也是建文臣子，朱由檢聽到這個名字，怒氣漸漸緩了下來，詢問道：
“卓敬被夷的三族，是父族、母族、妻族，還是父、子、孫三族？”
“為何世間流傳的，是方家被殺者最多？”
這個并沒有人深究，因為卓敬的名氣，遠遠不如方孝孺。
再說卓敬在萬歷年間就被表墓建祠，已經實際平反了。自然更沒人提他，為他叫什么屈。
見到群臣無人回答，朱由檢道：
“有關卓敬被夷三族之事一定要查清楚，不要胡亂訛傳。”
“昔年成祖也曾說：國家養士三十年，惟得一卓敬。”