朱由檢之所以對李三才全面否定，是因為他最痛恨這種人的行為。
以李三才為代表的部份文官，在奪權上很有一手。甚至還很會經營名聲，得到朝野贊譽。
但是細數功績，這些人又沒做出多少。例如李三才在奪取漕運總兵的權力之后，根本沒有能力治軍——
漕軍兵馬十二萬，沿岸一百多個衛所，在朱由檢看來是很強的力量。但是在李三才等文官手中，基本上被廢棄。
所以在了解到漕運的現狀后，朱由檢堅持復設漕運總兵，并且使用武勛。
這自然引起了文官反彈，戶部尚書畢自嚴道：
“昔年漕運總兵存在時，多有不法之事，隨意役使軍衛。”
“而且久裁而復，應當從長計議。”
朱由檢仍舊還在氣頭上，斥責道：
“漕運總兵縱有不法，也不會放任漕幫坐大。”
“朕最痛恨的就是某些官員只知奪權，卻從不思量有沒有能力運用權力。”
“但凡漕運總督能夠好好治軍，朕何至于在朝堂上討論漕幫之事？”
“漕運總兵復設勢在必行，專門負責管理漕軍。”
“漕運總督兼任漕軍護軍使，下設護軍都尉，協調漕軍和沿途府縣的關系。”
這番話語讓一些文官臉面無光，卻又放下了心。
因為皇帝復設的不是以前位在漕運總督之上的總督漕運總兵官，而是專管漕軍的漕運總兵。兩者的地位最多平行，甚至漕運總兵還低一些。
文官奪取的漕運權力基本還在，只是分出了治軍權力。
所以他們對皇帝拿李三才指桑罵槐，指責一些文官的行為，只能默默聽著。
甚至一些人心里，覺得皇帝的評價沒錯，以李三才為代表的部分文官，就是那樣的人。
就連曾經為李三才辯解的劉宗周，這次都沒有再辯解。
顧憲成曾經把李三才和孔子相比，他的后繼者錢謙益，此時也沒有在這上面發言。
在紫閣功臣和紫閣賢臣設立后，群臣現在大多都有了一點譜，知道什么樣的事情，在皇帝眼中算功績。
李三才縱然名高，在抑止稅監、體恤民情上很受贊譽，但是和其他功臣賢臣相比，卻真的沒有什么拿出手的功績。
皇帝對他的全面否定、甚至拿他做李化龍的反面，讓一些臣子心中凜然，知道當今皇帝需要能干事的臣子。只有做出實事，才有名列紫閣的機會。
朱由檢發泄一通，告誡群臣用心做事之后，選擇見好就收，不引起更大的反彈。
接下來他和群臣議定，明確漕運總兵和漕運總督的職責。并且在下面設立三個協同督運參將和護軍都尉，分別負責北直隸、山東、南直隸境內河段。
對于三個參將，朱由檢具體要求道：
“三個參將要從漕軍中挑選精兵，建立至少六千人的參將營。”
“將來南北直隸、山東、河南等臨近運河的地方發生變亂，朝廷第一個要調遣的，就是這三個參將營。”
“以后他們要以運河為依托，訓練快速機動能力。”
把運河當做后世的鐵路看待，朱由檢不但沒有廢棄，還加強了漕運衙門的權力。設立獨立的稅務司、廷尉署、衛尉署等機構，負責稅收和司法執法工作。
并責令兵部尚書袁可立為三個參將營劃定防區，制定地方出現變亂時的調兵順序。設立航運公司，安撫和漕運有關的利益集團：
“海運和漕運雖有競爭，卻不是你死我活的關系。”
“縱然以后海運成熟了，運河也不可能被廢棄。”
“它的作用不止是運糧，還有調兵、運貨、運人等用途。”