朱由檢也不想徹底禁教、打斷東西文化交流，所以只是應一些臣子的要求，讓太常寺制定更嚴厲的措施，限制天主教傳播。
徐光啟身為教徒，對此當然不滿意。面對他的反對，朱由檢道：
“徐卿可知泰西那邊除了羅馬教廷的天主教，還有幾個教派？”
徐光啟對此不大了解，因為利瑪竇等人都是天主教耶穌會教士，他們當然不會宣揚其他教派。
朱由檢用自己了解的一些知識，向徐光啟道：
“泰西的天主教，屬于信仰基督的一支，可以看做基督教的一個教派。”
“以羅馬教廷為首的天主教，可以稱為羅馬公教。”
“除此之外，還有歐洲東部的羅剎人信仰的東正教，和天主教差異很大，兩者早已分開。”
“近幾十年，又有馬丁·路德等人創立了新教派，可以稱為新教。”
“新教和羅馬公教水火不容，甚至發生大戰。”
“據朕所知，泰西那邊分別支持新教和天主教的國家，已經打了十年。未來還可能打幾十年，直到打不下去。”
“徐學士，你覺得新教的人，在知道耶穌會在大明傳教后，會不會同樣派傳教士？”
“如果他們在大明蠱惑了一些人，再和耶穌會起紛爭。難道放任兩個教派的信徒，在大明打宗教戰爭？”
這些東西，徐光啟都是第一次聽說。他不知道皇帝說的是真是假，但是從皇帝說的人名、事跡來看，似乎不像假的。畢竟新教和羅馬公教真的打起來的話，從歐洲過來的泰西人不會不知道，馬丁·路德這個名字，似乎也很好打探。
所以面對皇帝的質問，他只能保持沉默。甚至心里面還想到皇帝所說的傳教士作為先導、對美洲原住民滅絕的事情，這讓他的信仰受到很大沖擊，一時頭腦混亂，不知道要說什么。
其他臣子聽到皇帝說歐洲正在打宗教戰爭，對此紛紛不理解。實在是因為中國古代歷史上雖然有一些戰爭存在宗教因素，卻并沒有嚴格意義上的宗教戰爭，不會因為信仰不同就打起來。
他們對于此事感到很是奇怪，一些人覺得蠻夷就是蠻夷，不能當正常人看待。同時他們對天主教產生了警惕，開始傾向禁教，免得大明子民信教的人數多了，發生宗教戰爭。
對此，朱由檢考慮之后，說道：
“除了耶穌會外，基督教其它教派，不得在大明傳播。”
“若有耶穌會之外的基督教傳教士來大明傳教，耶穌會和其它佛道教派，皆有責任檢舉。”
通過給耶穌會傳教特權，讓他們對付基督教其它教派。
畢竟在朱由檢看來，耶穌會的傳教士還是有些作用的，他們帶來了很多西方科學知識，給大明的思想文化帶來很大沖擊。從一些方面來說，他們是有積極作用的。
而且耶穌會的教義，和其它基督教派差異很大。甚至派他們來大明傳教的羅馬教廷，都不見得能接受他們的教義——
這是最有可能本土化，對抗基督教其它教派的教派。
如果耶穌會能完成本土化，它有可能像東正教、新教一樣，成為基督教的一個新教派。