“所以大理寺的斷案要慎重，要經得起時間檢驗。”
“刑部和都察院要做好監督，不要讓大理寺和地方衙門胡亂斷案。”
告戒了三法司一通，朱由檢繼續說錢謙益的事情，詢問群臣道：
“你們說錢千秋的案子，算是結案了嗎？”
溫體仁把案子重新提出來，當然不承認已經結案，一口咬定道：
“錢千秋不曾到官，當然不算結案。”
錢謙益否認這種說法，認為已經結案：
“錢千秋其實到官，臣豈敢欺皇上。”
兩人各執一詞，又沒有案卷作證，朱由檢無法分辨誰對誰錯，詢問閣臣道：
“你們說錢千秋案結案了嗎？”
閣臣中現在沒有一個東林黨，當然不會偏向錢謙益，反而對這個回到朝中便興風作浪的東林黨人有些不滿，沒有人為他說話。所以他們敷衍道：
“案卷找出來后，這件事就明白了。”
意思是把這件事推后，留待以后再說。
朱由檢也是這個意思，想要用這個案件牽住錢謙益，避免剛回到朝堂的官員以他為首，反對自己在年前定下的政策。所以他詢問其他臣子道：
“卿等還有意見嗎？”
群臣大多沒有意見，唯有太常寺卿李標，作為錢謙益的上級，不得不為他辯解兩句，說道：
“科場舞弊之事，實與錢謙益無干。”
朱由檢對李標這個太常寺卿還算尊重，認真解釋道：
“朕也希望無關，否則浙江的舉人秀才，就要鬧起來了。”
“為了明正視聽，朕決定讓大理寺重審此案。將此事查得清清白白，以免世人誤解。”
又向錢謙益道：
“錢少卿，朕不是要針對你，而是鄉試的事情太大，必須有個說法。”
“你也不想背著嫌疑，以后被人在后面指指點點吧？”
錢謙益想說這件案子已經結了，根本不用再審。但是又知道既然被溫體仁提起來了，就必須有個結論——
否則他就要一直背著嫌疑，讓人以為他參與了錢千秋科場舞弊案。
所以對皇帝的說法，他只能承認，說道：
“臣無能，在鄉試時失察，以致犯下過失。”
“請陛下責罰！”
朱由檢見他認罰，對此微微點頭。他既然啟用錢謙益，就沒想過把這個人重新趕回去，回家鄉培植影響力。所以他下令道：
“你的過失是有的，先罰俸三月、閉門思過三月，檢討自己的過失。”
“三個月后，錢千秋案的究竟，應該審出來了。”
“要不要繼續處罰，由審判結果決定。”
沒有被判罷官、也沒有其他懲罰，錢謙益心中一松，知道皇帝是小懲大誡，三個月后審判結果出來，他多半會沒有事。畢竟錢千秋案已有定論，只要他堅持之前的說法，就能從中脫身。
溫體仁則有些不甘，想要把錢謙益一棍子打死，提醒道：