正月二十七日，文華殿，朱由檢召集閣臣、九卿，以及三法司和太常寺相關官員，處理錢千秋案。
這件案子是溫體仁重新提起的，朱由檢首先詢問他：
“溫卿參錢謙益受錢千秋賄賂，以‘一朝平步上青天’為關節，犯下科場舞弊之罪。”
“這件事可有實據嗎？”
溫體仁毫不猶豫地道：
“臣參錢謙益的罪名，字字都是實的。”
朱由檢繼續問道：
“錢千秋案刑部已經結案，難道還有疑問嗎？”
溫體仁反駁結案一說，回道：
“刑部將金保玄、徐時敏問罪，錢千秋卻逃了，并不曾到官，此案怎算了結？”
朱由檢聞言點頭，認可這個說法。涉案的主犯逃了，當然不能說結案。
所以他轉向錢謙益，詢問道：
“溫體仁參卿受錢千秋賄賂，以‘一朝平步上青天’為關節，可是真的么？”
錢謙益當然不承認這件事，急忙辯解道：
“臣于天啟元年典試浙中，一時號稱得人，初不聞有錢千秋之事。”
“到京復命之后，才知道錢千秋一事，當即上疏參他，現有奏案在刑部。”
朱由檢聽到回復還沒有說什么，溫體仁徑自插話，語氣咄咄逼人，責問錢謙益道：
“錢千秋逃了，徐時敏、金保玄是中間人，在刑部親口說和錢謙益有關，這件事如何賴得過？”
錢謙益繼續辯解，回道：
“臣不敢多辯，現有卷案在刑部。”
“錢千秋試卷原是真定府推官鄭履祥取的上卷。臣為總裁，不能遍閱，只看他七篇文字，又看他后場也通，不曾看到結尾七字。一時疏略之罪，臣不能辭。”
只承認失察之罪，想要把這件事糊弄過去。
朱由檢對此當然不滿意，詢問蘇茂相道：
“對于錢千秋案，刑部有什么話說？”
刑部尚書蘇茂相回道：
“此案是在天啟二年審判，臣當時尚未到刑部，不曾見過案卷。”
“如今刑部審判職權移交大理寺，案卷也在移交，一時難以把案卷找出來。”
朱由檢暗暗點頭，覺得蘇茂相識趣，看出自己是想借這個案子發揮，所以沒有把案卷拿出來——
否則案子定了，朝堂上還有什么好爭的，自己還用什么拿捏錢謙益？
所以他沒有責怪蘇茂相連個案卷都找不到，說道：
“移交案卷是大事，這件事一定要辦好。”
“大理寺要建立專門的檔案室，分門別類編號，存儲好這些案卷。”
“以后所有案卷要分密級，供不同級別的人查閱。”
“除了永不解密的，其它案卷根據密級劃分，在十到三十年內解密，允許公眾查看。如果將來印刷技術成熟，可公開印刷出版。”