甚至在明法科和明算科的事情上，都有人提出異議。
可以說，這是新進入朝堂的官員，對皇帝年前決定的質疑。在一些官員的推動下，想要推翻決議。
錢謙益的奏疏，就是一個引子，把這些人都引了出來。
而且因為錢謙益在東林黨和士林中的威望，得到很多支持。
這個現象，讓錢謙益吃了一驚，沒想到自己有這么大號召力。
溫體仁卻心思轉動，從中看到了機會：
『錢謙益這廝上次想拖我下水，幸虧我沒上當，沒卷入這場風波。』
『他想用這件事算計我，我得有所回應，否則其他人還以為我是好算計的。』
『我記得錢謙益在主持浙江鄉試時，涉嫌一樁弊案。』
『可以把這件事揪出來，給他一個痛擊，幫陛下解決風波！』
作為一個浙江人，溫體仁對老家發生的事情，還是有所了解的。
錢謙益在天啟元年主持浙江鄉試時，牽涉進錢千秋關節一案，溫體仁打算用這件事把他拖下水，打擊他的氣焰。
這樣一來，他就幫皇帝平息了這次由錢謙益引起的風波，能獲得皇帝看重，為將來入閣做準備。
甚至，為了讓皇帝更加看重，他還揣摩皇帝心意，猜測當今皇帝最厭惡的是黨爭，錢謙益這么一呼百應，很犯皇帝忌諱。
如果這些人再極力維護錢謙益，那就更坐實了錢謙益結黨這件事。皇帝會出于厭惡，把錢謙益從朝堂趕出去。
工于心計的溫體仁，甚至連自己以后如何在朝堂立足都想好了，那就是“無黨”，讓皇帝認為自己是一個孤臣。
這樣皇帝會覺得他容易掌控，未來參劾他人，也顯得自己“孤忠”。
定下這個策略，溫體仁寫了一份奏疏，起了個非常聳人聽聞的名字：《直發蓋世神奸疏》，直斥錢謙益為“蓋世神奸”，說這個“神奸結黨欺君”，在朝堂掀起風波。又把天啟元年的浙江鄉試舞弊案，重新提了起來，攻擊錢謙益身為主考官，收受錢千秋受賄。
這份奏疏一上，朱由檢都看得心中一驚，險些以為看到了后世的震驚體。
仔細讀了幾遍，才看出溫體仁就是為了參劾錢謙益，想要把錢謙益打得萬劫不復、直接從朝堂趕出去：
『這個溫體仁，什么時候和錢謙益結梁子了？』
『他和東林黨的關系不是很好嗎？』
心中懷著納悶，朱由檢對溫體仁如此狠毒對待錢謙益，心中有些不解。
卻不知正是溫體仁之前和東林黨走得近，如今察覺到他不喜歡臣子結黨后，想通過參劾錢謙益，撇清和東林黨的關系——
對溫體仁來說，他在東林黨那邊，基本是借不到力的。錢謙益則不同，是東林黨的中堅，將來廷推閣臣時，很可能成為對手。
現在把錢謙益廢掉，就是除去了一個很有競爭力的對手。溫體仁針對錢謙益，不是毫無由來。
摸不清溫體仁的意思，對溫體仁說錢謙益是“蓋世神奸”，心中也不相信。不過他對朝堂上質疑年前決議的風波，確實有些厭倦。所以出于壓下這場風波的目的，朱由檢決定讓溫體仁的奏疏發酵，打擊錢謙益這個領頭人。