明朝對林丹汗評價較低，稱他“年少嗜酒色”、“沉溺酒色”、“嗜利好色，馭下無法”。另一方面又說他是“虜中名王，尤稱桀驁”。
清朝對林丹汗亦持否定評價。清人魏源稱林丹汗“有宋康（宋王偃）、武乙之暴”。
蒙古傳統史書對林丹汗評價很低，如《水晶鑒》稱其“無道”、《蒙古源流》稱他“心中生嗔，而化六國為烏有”，總之是一個橫行無忌的暴君形象。他與綽克圖臺吉、藏巴汗、白利土司月頓多吉被蒙藏史書貶為毀滅黃教的“四惡汗”。這顯然是出于黃教史觀得出的結論。林丹汗得到差評的另一個原因則是他在統一蒙古的過程中損害了許多蒙古封建主的利益，導致眾叛親離，最終歸于失敗，話語權落在了作為勝利者的滿人和蒙古封建主那里。當時，蒙古封建主紛紛向后金控訴林丹汗的罪惡，其中一個寫道：“因這個罪惡的察哈爾汗性情暴躁，對眾人危害極大，即使是宗族至死至窮絕不會歸附他的緣故就在這里。”
近現代以來，林丹汗在蒙古的評價得到極大改觀，認為他是一個志在恢復成吉思汗霸業、將一盤散沙的蒙古復歸統一的英雄之主，又堅決不向后金投降，顯示了蒙古民族的氣概。如烏蘭夫稱他為“反抗異族壓迫的英雄”。蒙古人民共和國學者則肯定林丹汗“對滿洲的侵略計劃曾經表示堅決地反對”“企圖對于所屬各部實行強有力的集權，并且建立起一個在他控制下的統一獨立的蒙古”。
日本學者萩原淳平對林丹汗評價較高，認為他懷有富國強兵、復興蒙古帝國的夢想。同時指出“蒙文資料，除有關喇嘛教的以外，就是曾受過林丹汗的壓迫、持有被害者立場的人們所寫的資料。清朝的資料是出自這種立場的資料：即以其與明朝的戰爭為主，使蒙古不妨礙他們的行動，并盡量把蒙古拉入自己一方，以便更有利地貫徹對明朝的政策。而明朝的資料則是反映這種立場的資料，即：在對□□哈赤的戰爭中將蒙古拉入自己一方，以利于戰斗，如有可能則挑起□□哈赤與林丹汗之間的戰爭，使其兩敗俱傷。”總之，反映林丹汗一方立場的史料的缺失是造成林丹汗未能得到正確評價的原因。
中國學者戴鴻義認為“林丹汗對內實行統一漠南各部、重樹宗主大汗的權威，對外實行聯明抗金，以挽救危局，竭力維護北元政權和蒙古民族的利益，是比較符合實際的。但是，林丹汗辜負了北元人民所寄于的期望……林丹汗統轄的北元地區，以單一的游牧經濟為基礎，缺乏雄厚的實力，沒有強大的物質力量做后盾，他更無堅實的群眾基礎，‘諸部各自稱雄’‘傲然不理’，在明與后金的進攻面前，其統治區域內毫無任何的防御部署，只能實行消極的逃跑主義，‘君一怒而失國，眾一怒而破城’，對內對外政策的錯誤，樹敵過多，必然使他的志向未成而‘報恨終身’”。
:</p>