等到海水淹沒兩人胸口，渚薰停下來，朝碇真嗣眨了下眼睛“真嗣君這次要抓緊我哦。”
碇真嗣頓住，有些不好意思道“我現在已經學會游泳了啊”
雖然這樣說著，他還是抓緊了渚薰的手，借著下一道打來的浪花，兩人一起潛入海水更深處。
冰涼的海水將他們淹沒，月光透過水面往下折射，讓他們勉強足夠看清彼此。
感受到手上傳來的拉力，碇真嗣朝渚薰看過去，發現對方在朝他說著什么。大量氣泡隨著他嘴唇的動作被吐出來，在月光的照射下像一串串流光溢彩的珍珠，為正微笑著的渚薰添了一絲瑰麗的神秘感，讓他忍不住想起童話世界里的人魚。
碇真嗣頓時看得呆了，直到少年的身影消失，他才回過神來，回憶著渚薰剛才的口型。
他在說“謝謝”和“再見”。
“再見。”碇真嗣微笑著，輕聲說道，任由自己往下沉入黑暗。
水波輕輕推動他的身體，讓他重新浮上水面。碇真嗣睜開眼，入目只剩下虛無的灰白空間意識境消失，他重新回到了靈魂之海。
第一次進入這處空間時，他就感受到了那種無邊無際的孤獨感，那讓他很害怕，所以之后也一直排斥進入這里。但現在，他只覺得無比的安心和自由，因為他已經明白，這里并不是只有他孤身一人，這里是他的全世界。
弧形的水波從旁邊蕩漾過來，觸碰到他的手背，碇真嗣坐起來，看向朝自己走過來的等人高的紫色機甲，放松地笑起來“初號機。”
初號機朝他伸出手，碇真嗣便拉住它，順著對方的力道站起來，與那雙明亮的暖黃色眼燈靜靜對視。
“我曾經以為，它是真嗣君的母親。”渚薰的聲音從身后響起。
碇真嗣轉身，看見正仰著頭觀察巨大化初號機的渚薰。對方穿著簡單的短袖襯衫和黑色長褲，襯衫領口露出一點柔和的紫色，更適合他溫柔的氣質。
注意到他的視線，渚薰收回目光，紅色的眼睛看向他，露出一點輕淺的笑意。
“薰君”碇真嗣一時思緒萬千，不知該如何開口，直到渚薰走到他身邊站定，碇真嗣才定了定神，解釋道，“媽媽她媽媽的靈魂曾經在初號機里，一直保護著我。”
他轉過頭，和渚薰一起看向初號機所在的位置，紫色機甲的身影消失，取而代之的是一位穿著白大褂的溫柔女性，眉眼間與他有幾分相似。
“但是，我已經能夠自己面對了，所以，我讓媽媽留在了那個世界。”碇真嗣微微笑道，最后的那一刻，他的母親本來是打算代替他，與初號機一起將使徒的力量帶走，讓他能夠在新生的平凡世界里活下去。
但碇真嗣拒絕了她的提議。因為母親已經為他付出了太多，而他已經長大了，能夠承擔自己的責任。他是初號機的駕駛員，所以如果初號機必須要一個靈魂的話，那就讓他來吧。
曾經渾渾噩噩的少年終于不再逃避，將自己的靈魂融入初號機，然后在莉莉絲所覺醒的那個靈魂的幫助下，將所有的人類送回了新世界，自己則與初號機一起，帶著使徒的力量默默守護。
渚薰垂下眼睫，與碇真嗣的融合，讓他也知道了對方的所有經歷，這樣的結局出乎意料，又似乎在情理之中。他低著頭，盯著自己顫抖的指尖，不知該如何讓心中洶涌的情緒平靜下來。
“靈魂的形態、是出于認知，自身對自己的認知，他人對自己的認知，所有的部分加起來才會構成一個完整的靈魂”他已經不知道自己為什么要說這些了。
“嗯，她只是我的認知所構成一個殘片。”碇真嗣接上他的話，“她并不是真正的母親，而是我對媽媽的思念，還有媽媽對我的愛。”