朱由檢出宮居住后，每年獲得米三千石、鈔一萬貫，等待就藩之國（前往封地）。但到了天啟七年（1627年）八月，朱由校病入膏肓，沒有留下任何子嗣。八月十一日，朱由校召皇五弟信王朱由檢入宮。朱由校躺在病榻上，對朱由檢說：“吾弟當為堯舜。”朱由檢恐懼萬分，說：“陛下為此言，臣應萬死！”朱由校接著囑托他善待張皇后與信用魏忠賢，朱由檢更加恐懼，請求出宮。朱由校表示自己在召見朱由檢以后“朕心甚悅，體覺稍安”。[
天啟七年（1627年）八月二十二日申時，朱由校駕崩于乾清宮。魏忠賢哭得眼睛都腫了，并與黨羽商量對策。據說魏忠賢打算自立，被兵部尚書崔呈秀勸阻，另有人提議令宮妃假稱懷有身孕，而將魏良卿之子領入宮中，接替皇位，由魏忠賢輔佐，就像“新莽之于孺子嬰”那樣。魏忠賢以為言之有理，便派人婉言暗示張皇后，被張皇后拒絕。魏忠賢得知張皇后的嚴正態度，也無可奈何，不再強迫她，只好派親信宦官涂文輔、王朝輔接朱由檢入宮。
同時，由內閣起草遺詔，內稱“皇五弟信王聰明夙著，仁孝性成，爰奉《祖訓》兄終弟及之文，丕紹倫序，即皇帝位”。在張皇后的告誡下，朱由檢自帶麥飯入宮，不吃宮中食物，對宮中的一切保持高度警惕。到了夜晚，朱由檢秉燭獨坐，偶然看見一名小宦官持劍而過，立即叫到跟前，索要其劍，詳加審視，許諾將給他賞賜，并將劍留在自己桌上。當聽到宮中巡夜者擊打木梆的聲音，他起身前往慰勞，并回頭問左右侍從如何賜酒食，侍從回答說由光祿寺負責，于是，朱由檢下令旨讓光祿寺準備酒食，賜給宮中值班巡夜之人，一時歡聲如潮。對于魏忠賢，朱由檢也“屢賜溫詞，曲加慰勞”，以安其心。
經過文武百官三次勸進，朱由檢于八月二十四日穿上袞冕，祭告天地，即皇帝位于皇極殿（一說中極殿），改元崇禎，在登基大典時突發天雷之聲（一說不是天鳴而是御馬齊鳴）。
朱由檢即位后，“總攬權綱，天下想望太平”，而他完成的第一件大事就是鏟除魏忠賢及依附他的“閹黨”集團。朱由檢即位之初，仍像朱由校那樣對待魏忠賢及其黨羽，該賞賜的照樣賞賜，該封官的照樣封官。魏忠賢反而感到不安，便對出身信王府宦官的司禮監秉筆太監徐應元畢恭畢敬，饋贈珍奇異寶，結為兄弟[48]，并在九月初一日上書乞求辭去東廠提督之職，借以試探虛實。結果，朱由檢不僅沒有批準，而且還好言相勸，慰留一番。
過了兩天，朱由檢準許魏忠賢的對食奉圣夫人客氏出宮到私人宅第居住。魏忠賢上書乞請免去戶部喪禮香蠟三萬金，朱由檢立即表示同意。初四日，司禮監掌印太監王體乾請求辭職，朱由檢不允。
九月二十五日，魏忠賢上書乞請停止為其建立生祠，朱由檢批準以前生祠保留如故，不再新修，又夸魏忠賢“有功不居，更見勞謙之美”。十月，朱由檢又以“贊襄典禮”（協助完成登基大典）和東江戰功（毛文龍在丁卯之役中的戰功）為名給魏忠賢、王體乾等蔭官（給予其家屬錦衣衛官職）。通過對魏忠賢、王體乾及其黨羽的恩蔭賞賜，在一定程度上打消了他們的疑慮，也麻痹了他們。
鏟除魏忠賢的行動始于“閹黨”內訌。九月十六日，“閹黨”成員南京通政使楊所修參劾崔呈秀等，朱由檢反而“責其輕詆”；十月十四、十九日，另一“閹黨”成員云南道御史楊維垣兩度參劾崔呈秀各種罪狀。
崔呈秀內心不安，請求回家守制，朱由檢在十月二十一日批準其請。
崔呈秀倒臺之后，魏忠賢成為下一個被彈劾的對象。自十月二十三日以來，陸澄源、錢元愨、錢嘉征等陸續彈劾彈劾魏忠賢罪狀[48]，尤以貢生錢嘉征言辭最激烈，列舉了“并帝”“蔑后”“弄兵”“無二祖列宗”“克削藩封”“無圣”“濫爵”“掩邊功”“朘民”“通同關節”十條“滔天之罪”。魏忠賢得知此疏，在朱由檢面前痛哭流涕，連呼冤枉。朱由檢不為所動，命內侍當廷誦讀錢嘉征奏疏，讓魏忠賢親耳聆聽，魏忠賢“震恐喪魄”。
之后，魏忠賢以身體不適為由，請求辭職。徐應元本起于信王府，與魏忠賢相互勾結，但見魏忠賢將要失勢，也請求養病，朱由檢順勢批準魏忠賢、徐應元回家養病。十一月初一日，朱由檢在一切準備妥當之后，正式下旨將魏忠賢之罪昭告于世，貶魏忠賢至鳳陽祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。]魏忠賢出京時，帶著大量隨從，威風不減。十一月初四日，朱由檢以魏忠賢“將素畜亡命之徒，身帶兇刃，不勝其數，環擁隨護，勢若叛然”為由，下令將其逮捕至京。]行至阜城的魏忠賢從“閹黨”成員李朝欽那里提前得知這個旨意，兩人痛飲一番后雙雙自縊。[客氏被杖殺，崔呈秀亦自縊。其后，朱由檢召回各地鎮守太監，平反天啟末年迫害東林黨的冤獄，毀《三朝要典》，定“欽定逆案”，將魏忠賢等255人定為“逆黨”，魏忠賢和客氏被凌遲戮尸，其黨羽或處死，或削籍，或充軍，從而實現了撥亂反正。時人評論此舉“不動聲色，潛移默奪，非天縱英武，何以有此”。
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自己穿越到這個世界，又是一個皇帝，雖然按照歷史，自己的結果是要吊死的。