萬歷四十三年（1615年）五月初四日，有個叫張差的人手持木梃闖入朱常洛的居所慈慶宮，很快就被制服，是為梃擊案。出身東林黨的官員們認為這是鄭貴妃在背后指使，張差在受到三法司審問時也供認是受鄭貴妃的宦官龐保、劉成指使進宮。在群臣的一再施壓下，多年深居宮中、不見群臣的明神宗朱翊鈞為了堵住東林黨之口，于五月二十八日早晨親自到慈寧宮祭拜孝定李太后，接著與朱常洛一起召見大臣，并將三名皇孫（朱由校、朱由楫、朱由檢）和一名皇孫女從左右階下引到石級上來，令群臣熟視，以表明自己絕無易儲之意。在這次召見上，朱翊鈞還將擅自出班發言“皇上極慈愛、太子極仁孝”的御史劉光復當眾拿下，施以廷杖。隨后，梃擊案以處死張差、龐保、劉成三人告一段落。[15]這次召見也是朱由檢第一次公開亮相，據說他當了皇帝后召見群臣時要求錦衣衛隨時準備拿人就來源于這次童年經歷。
萬歷四十八年（1620年），朱由檢的祖父朱翊鈞、父親朱常洛相繼去世，兄長朱由校即位。朱由檢作為朱由校唯一在世的弟弟，于天啟二年（1622年）九月二十二日被冊封為信王。[17]但朱由檢并未立即出閣，而是住在紫禁城慈慶宮后面的勖勤宮。[14]
少年時代的朱由檢喜歡讀書，而且不茍言笑，常常靜心養神、正襟危坐，衣冠不整就不見內侍。有陪讀的內侍不敢讀出聲，他就厲聲呵斥道：“讀書是好事，倒害羞；若唱曲兒，倒不害羞耶？”
明代皇子出閣前沒有專門的師傅，因此朱由檢遇到不懂的字時，就自行查閱《洪武正韻》《海篇直音》及《韻小補》等書。他并非深居簡出，時常微服私訪北京市集，購買物品，體察民情，因此對物價一清二楚，即位后亦多次戳破采購宦官說高價錢的謊言。
天啟五年（1625年）十一月十二日，朱由校下詔為信王挑選王妃，翌年四月開始在北京動工興建信王府。天啟六年（1626年）五月十九日，禮部奏報順天府五城兩縣（大興、宛平）共有七十七名處女等待挑選。六月二十一日，主持擇妃的張皇后以大興縣民周奎之女“豐容端麗”而選其為信王妃。
經欽天監選出吉日，朱由檢于天啟六年（1626年）十一月二十五日卯時搬移出宮，十二月初八日（一說十二月初十日）午時行冠禮，十二月十六日辰時納征發冊，十二月二十一日卯時安床，天啟七年（1627年）正月二十七日卯時開面，二月初三日卯時出府迎親成婚。
四月，朱由校考慮在京城新修一座信王府，但內官監太監李永貞請求修理京城的惠王府，以備信王居住。可能是鑒于國庫乏困，加上瑞王、惠王、桂王前往藩國的花費，朱由校批準其請。由于李永貞中飽私囊，信王府的建筑與器具都極為簡陋。
在朱由檢是信王的期間，明朝內外局勢風云詭譎。朱由校的親信宦官魏忠賢聯合朝中齊、楚、浙等朋黨擊垮東林黨，掌控朝政。外部面臨后金崛起的威脅，雖然后金在寧遠被袁崇煥阻擋西進步伐，但邊防仍然吃緊。西南則爆發了奢安之亂，可謂四郊多壘。
朱由檢作為藩王，不能參與政事，但也不得不小心自保。
在魏忠賢的阻撓下，他與朱由校見面的機會極少，即使見了面也幾乎說不上話。
他還差點卷入魏忠賢的陰謀。據說當時魏忠賢曾派一名刺客暗殺張皇后，被朱由校發現后移送廠衛審辦，主管東廠的魏忠賢打算利用這名刺客來誣陷張皇后之父張國紀“謀立信王”，從而廢皇后、興大獄，但他的同黨王體乾卻認為朱由校對張皇后和朱由檢感情很深，此舉不會成功，因而魏忠賢殺了這名刺客以滅口，并未波及朱由檢。朱由檢對宦官弄權的弊端都看在眼里，他讀史讀到十常侍、董卓、曹操等擅權時，都會“撫卷切齒”。
他尤其痛恨魏忠賢專權，感慨“皇兄過忠厚，為（魏忠賢）所欺耳”。但是，他從不表露對魏忠賢的厭惡，魏忠賢見了他也面有懼色，并常派自己的黨羽給朱由檢送一些非時花果，朱由檢表面上以厚賞回報，但不僅不喜歡這些花果，還趁機暗中記住了魏忠賢的黨羽。
對于邊境局勢，他也多有關心。天啟七年（1627年）正月，朱由校賜給他景王府所屬的寶坻等縣及塌河地租銀六千三百兩，他立即上疏，以“邊境多虞，軍需告匱”為由請求將這些地租銀兩還給國庫，以補邊防之需。朱由校被朱由檢能為國分憂的至誠之心所感動，收回成命，以遂其愿。但隨即將汝王、福王所留地租賜予朱由檢，以便充作養贍之用，并展現他的“親親至意”，朱由檢再次辭去。
繼位除閹