這里是林翰最欣賞的臺詞部分，“你是否做過這樣的夢，尼奧？夢中的一切都真切得如同現實一樣。要是你無法從這樣的夢中醒過來會怎么樣？你怎么確定自己能分清夢幻世界與真實世界？”
這里跟先前林翰寫過的小說《盜夢空間》有一定的相似之處，夢跟現實如何區分。
言歸正傳，尼奧在吞下了紅色的藥丸之后就從睡夢當中醒過來，他詫異的發現自己身體躺在培養皿里面，身上插滿了各種管線，環顧四周，目力所及之處，都是這無窮無盡的培養皿，每個培養皿里面都躺著有人類！
震驚的尼奧被沖進下水道，墨菲斯的飛行船將他救起，然后開始給他講解世界的背景，第一位救世主建立了錫安，當他死后，先知預言了他會再度降臨，摧毀母體，結束人和機器的戰爭，而尼奧就是救世主再世！
連接上管線，尼奧直接開始學習各種武術，并且在接下來和墨菲斯的對話中了解到自己可以做的更快，甚至躲開子彈。
在接受了一系列的訓練之后，墨菲斯帶著尼奧進入母體，面見先知。可先知卻含混地否認了尼奧是救世主，這讓尼奧心里有些釋然。
就在一行人準備下線時，卻中了母體的埋伏，作為母體殺毒軟件的黑衣人特工早就在尼奧他們下線的地點設下重重包圍！
墨菲斯為了掩護尼奧被捕，同時飛船上的隊友也遭到暗算，他們當中出了一個叛徒。
飛船上的墨菲斯還處在睡眠接線當中，如果現實中的他死亡或者掉線的話，那么母體里面被黑衣人特工抓捕的墨菲斯就會死亡。
這些黑衣人特工為了從墨菲斯的口中得到錫安的主機密碼，他們派出機械烏賊攻擊尼奧他們的本體。
尼奧跟崔妮提決定再次進入母體，經過激烈的戰斗之后，終于救回墨菲斯！
當墨菲斯跟崔妮提成功下線之后，尼爾雖然利用經典的那幕子彈時間躲避子彈，但依然還是不敵特工，再次開始逃亡。
同一時刻，特工們之前派出的烏賊開始入侵船體，能對抗烏賊的只有emp（電磁脈沖），但emp會毀掉所有運行中的電子設備，必須等尼奧下線了才能使用。
可是在母體中，尼奧卻在最后關頭被特工給擊斃，虛擬和現實中的尼奧都即將死亡！
在崔妮提的一吻之后，母體當中的尼奧以救世主的身份復活了，他掌握了隨意修改母體的能力后，他看母體如同看代碼，輕易地停住了空中的所有子彈。
作為救世主的尼奧和母體的戰爭，這也才剛剛開始，后面就是《黑客帝國》第二部跟第三部的劇情了！</p>