但是秦始皇作為一個特殊的皇帝，顯然是不能簡簡單單就放在偏殿祭祀的。
不說皇帝的稱號來源于秦始皇，按照前段時間朱由檢定下的天朝說法，夏商周之后第一個天朝，就是由秦始皇開啟。
這樣的皇帝不放在帝王廟正殿，還有哪個皇帝能配？
朱由檢道：
“秦始皇開創帝制，此后漢朝制度，對秦制多有借鑒。”
“他的開創之功不可磨滅，應該放在帝王廟正殿。”
這在他看來是理所當然的事情，如同秦皇漢武，一直并稱一般。
群臣卻對此很不習慣，因為秦始皇的名聲太差了。
儒家六經都因為他不全，產生了今文、古文之爭。只要是信奉儒家的臣子，就沒有人愿意把他放入帝王廟正殿。
他們紛紛引經據典，說明秦始皇是暴君。這樣的君主功業再高，也不應該放在帝王廟正殿。
但是也有人覷到了皇帝的想法，開始附和皇帝，楊景辰道：
“三代之治久遠，秦始皇開創的天朝，實為可望可及的第一個天朝上國時代。”
“若是秦始皇不在帝王廟正殿，臣不知還有哪位帝王當得起？”
“就連漢初君臣，也不過是沿襲秦制而已。”
顯然，他看出了皇帝對秦始皇的推崇，在這里為秦始皇做辯解。
群臣面對這種迎合皇帝的言語，當然是紛紛斥責。
他們最大的理由，就是夏商周三代是天朝，秦朝縱然是天朝，也稱不上特殊的時代。
不過要問他們夏商周三代之治具體是什么樣，這些人又說不出來。
支持楊景辰的臣子越來越多，一些人開始認同，秦朝是第一個可望可及的天朝時代。它不像三代之治那么遙遠，如同霧里看花一般。
這樣開創天朝的君主都不能在帝王廟正殿，實在是有些不應該。
朱由檢聽著他們的爭論，慢慢有了想法，向群臣道：
“中國歷史如此之長，單用朝代劃分有些太繁。”
“朕以為，古代史應該分期，分成太古、遠古等時代。”
仿照后世的歷史分期，開始給古代史分時代：
“太古洪荒遠不可考，沒有留下文字記載，現在只知道那時使用石器、陶器，使用結繩記事，還有城邦部落存在。”
“遠古之時，三皇五帝治世，黃帝采首山銅鑄鼎鑄劍，說明那時開始使用銅器。在倉頡造字之后，更是有了文字記載。”
“但是因為時間太遠，他們的事跡大多不可考，夾雜在神話傳說之中，可以稱為傳說時代。”
這個說法，群臣是認同的。他們也不認為有關三皇五帝的記載全都是真實的。甚至三皇五帝都有很多說法，如今帝王廟中采用的不過是其中之一。
所以，太古史和遠古史就不是完全的信史，史書的內容只是按流傳下來的經典編撰。
遠古之后就是上古，朱由檢道：
“夏商周三個朝代，可稱為上古三代。”
“這三代留下的記載更多，還有很多青銅器、玉器、竹簡被發掘出來。”
“尤其是周朝的歷史，相對最為清晰。”
“在國人暴動和共和行政之后，更是能精確到每一年。”
“編年史的內容，主要從此開始。”
這個提法，群臣也沒有多大意見。甚至他們在平時，都用上古三代稱呼夏商周。
很多儒家士子的理想，就是恢復三代之治。
然后朱由檢借著這個概念，開始借題發揮。在上古三代之后，提出中古三代：
“秦滅六國之后，東周戰國結束，上古時代也至此而止。”
“秦朝廢封建、置郡縣，實行中央集權，此為中國歷史一大變。”
“車同軌、書同文、度同制，樹立天下一統的規范。”
“工具也從銅器轉向鐵器，開墾出更多的私人土地，公有的井田制瓦解。”