這讓他頓時喪失了和邊防部爭奪的動力，打算仿照海關總署的稅收分配。
朱由檢則在考慮重復征稅的問題，認為在當前的條件下，完全避免重復征稅是很難的事情，否則會出現大量偷稅漏稅。
為了減輕小民負擔，他又繼續下令道：
“個人用扁擔或人力車販運的貨物，凡是在十石或一千斤、價值百元以內的，尤其是糧食、蔬菜、漁獲等食物，一律不得征稅。”
“各個城市還要留出專門的攤位給這些人，攤位費要盡量低。”
“被多征稅或重復征稅的企業和個人，可以保留稅收憑據，在稅務申報時申請退稅。”
“太府寺要專門留出一部分稅款，退還重復征收的部份。”
這無疑加大了太府寺的工作量，雖有很多大臣贊同，太府寺卿董應舉卻詢問道：
“工商稅是和地方分享的，朝廷這邊退了，地方要不要退？”
“如果都退的話，事情太繁瑣了，朝廷和地方都要增加很多官吏。”
朱由檢眉頭一皺，同樣感覺棘手。因為現在是個完全靠人力的時代，太府寺現有的官吏根本不足以支撐如此復雜的退稅。
畢自嚴出主意道：
“不如不退稅款，而是開出稅票。讓被重復征稅的稅款，用于抵扣下一年度稅務。”
“這樣朝廷也不用專門留出資金給他們退稅，有更多的錢能用。”
這個辦法有的人贊同，有的人則提出質疑：
“這種稅票被人偽造怎么辦？那樣豈不會偷稅漏稅？”
“有人拿著稅票抵扣了，某地、某年的稅收豈不大受影響？官員的政績要怎么算？”
“還有官員故意重復征稅，給后來者挖坑怎么辦？”
這顯然牽扯到很多問題，朱由檢聽著他們的討論，總結道：
“抵扣稅票這件事要慎重，最好是太府寺和地方衙門一起開，降低偽造可能。”
“或者向他們支付國庫券，作為朝廷欠他們款項的證明。在國庫有錢后再支付，并允許用國庫券抵稅。”
“至于官員考核的問題，可以把抵稅單列，加強相關統計。對重復征稅比例高的、抵扣數據異常的，都要嚴加審核，追究相應責任。”
這樣無疑又增加了工作量，但是國庫券這個說法，卻讓董應舉眼前一亮，說道：
“國庫券是國債嗎？”
“就像東平伯國發行的債券？”
朱由檢道：
“類似國債，但是利率更低甚至不給利息。”
“允許在證券交易所流通，券上標注使用年限，限期完成兌付。”
“如果急需用錢，還可以在銀行抵押貸款。”
這顯然比直接開具抵扣稅票更好用，可以讓急需用錢的人拿到錢，國庫也有更多的騰挪時間。董應舉道：
“臣以為發放國庫券更可行，但需要太府寺和地方一起驗證。”