除了改征營業稅外，朱由檢對商稅的重大調整，那就是同樣實行一稅制。
大明的商稅三十稅一說起來并不高，但是仍有很多商人抱怨，那是什么原因呢？
除了一些商人不愿納稅的因素外，就是因為商人是會走動的，有可能在這邊交了稅那邊還要交，被重復征收商稅。
關稅在財政中的百分之二占比，也是這樣來的——
每過一個稅關，都會被征一次稅。
有權有勢的大商人能用各種手段逃稅，或者只繳納三十稅一的商稅。
小商人可就不行了，有可能被重復征稅數次，實際稅負遠超名義上的三十稅一。
所以朱由檢一再強調，對營業額一百元以下的個體戶免稅。對于營業稅的征收，則按屬地管理：
“營業稅應該向注冊地申報，每年二月到八月申報上一年度稅務，向稅務機構預約時間。”
“逾期由稅務機構警告，并且征收滯納金。當年未完成上一年度申報的，以偷稅漏稅處理。”
“平時稅務人員不得騷擾企業，干擾企業經營。”
“具體的總公司、分公司，以及營業額主要在外地的公司稅收如何算，太府寺摸索出方案來。”
太府寺卿董應舉聞言領命，又聽皇帝說道：
“內地稅關要裁撤，以后只向出入邊境的貨物征稅。”
“今后關稅主要就是海關稅，還有邊疆的邊關稅。”
“境內往來流通，不再征收關稅。”
“大明都要和藩屬統一市場了，不能內部的市場還不統一。”
這種減稅的事情，群臣大多是贊同的。
當年萬歷皇帝增加稅關征稅，沒少受到他們抨擊。
如今皇帝要裁撤內地的稅關，他們怎么可能反對。
但是太府寺卿董應舉卻為難了，說道：
“關稅占比雖少，到底也有二十多萬。如果各地稅關裁撤，賦稅總額就低了。”
“還有海關和邊關稅收，是不是應該完全歸太府寺？”
海關總署目前是戶部和海軍部共管，還要分一成給內庫。
朱由檢不想改變這個局面，反問道：
“沒有海軍和海警配合，戶部能征收到多少海關稅？”
“邊關稅也是同樣，沒有邊防軍配合怎么收？”
這下董應舉無言以對了，朱由檢繼續說道：
“稅務總署可以成立專門的邊關署，和邊防部一起負責征收邊關稅。”
“具體怎么分配，你們自己協商。邊關稅要加強征收、嚴查走私，配合邊防政策，而且要全部用于邊防和邊疆建設，防止某些人為了稅收不顧邊疆安危。”
董應舉對此無法反對，但是心下卻無奈了。因為他知道這樣太府寺就變成了給邊防部打工的。無論名義上分到多少，最終都要撥到邊疆地區。