因為楊嗣昌的進諫，朱由檢沒有通過樞密院提出的遷徙京城衛所方案。
他在正月二十八日，舉行內閣九卿和樞密院、兵部、五軍都督府聯席會議，專門商討京營和京城衛所改制的事情。
由于楊嗣昌已經在皇帝面前大膽說出實情，皇帝對衛所糜爛的現狀也沒有多加責怪。擔任京營護軍使的李邦華在受到皇帝斥責后痛定思痛，大膽陳述京城衛所情況，并認為很多在衛所吃飯的冗員，完全可以裁去：
“京師七十二衛，每衛吏役以三四十名計，合之以二千余人計。”
“此輩空耗糧餉，臣以為每衛留二到四人即可，余者皆可裁去。”
朱由檢根本不知這件事情，仔細詢問他道：
“這些吏役都是做什么的？”
“為何可以裁去？”
李邦華道：
“他們主要負責文移等事，各衛職守不繁、文移極少，留著他們空耗錢糧而已。”
這是李邦華的看法，朱由檢聽到之后，卻是皺眉說道：
“衛所官兵調動，還有軍戶的服役、遷徙，怎么能說職守不繁呢？”
“現在衛所的名冊，是由誰在管理？”
李邦華支支吾吾道：
“應該還是各衛在管理。”
想到各衛名冊形同虛設的現狀，實在不好再說裁去吏役。
朱由檢就是想到了這點，所以才沒有答應李邦華說的裁去冗員。但他對這些光吃飯不干活的吏役同樣不滿，神情嚴肅地道：
“各衛名冊混亂，實是吏役失職。”
“這些人但凡不能把名冊對上的，全部充為軍戶發往軍前效力。”
“京城各衛的職責和機構也要改，不能再這樣稀里糊涂下去。”
這點群臣是認同的，因為京城的衛所，已經到了非改不可的地步。
尤其是城外順天府的衛所改制完成后，城內如果不改，就有外強內弱的危險。
樞密同知袁可立道：
“城內衛所是要改，但他們沒有土地，如果按名冊征兵，軍戶該何以為業？”
“臣以為還是在城郊為他們分配土地最恰當，可以讓愿意耕種的軍戶去城外。”
朱由檢微微點頭，說道：
“愿意耕地的軍戶，確實可以遷去城郊一帶。”
“但是不愿意耕種的，也得尊重他們的意愿讓他們在城內擇業。”
“朕的意見就是，把京城衛所的名冊統計出來，完全打亂重排。”
“愿意去種地的，按照他們祖上的功勞和分配的土地，優先讓世襲軍官、世襲軍士挑選土地，把他們遷到城外。”
“不愿種地留在城內的，則按所居位置，作為軍民戶管理。”
這是他左思右想，思索出的方案。
在這個方案之中，留在城內的衛所，被他當成了人武部，負責轄區內的征兵和動員：
“京城三十六坊，每個坊安排一個衛，負責從居住在該坊的軍民戶征兵，送到京營、巡捕營等訓練。”