負責審計總署的許宗禮、廉政總署的周延儒，職位沒有改變。朱由檢讓他們加強合作，檢舉貪腐官員。
十三道監察御史也有調整，朱由檢任命了很多三法司出身的優秀人才。
甚至有明法科進士，被提拔為御史。這讓明法科的吸引力，進一步提升起來。
都察院之后的大理院，掌院由南京兵部尚書崔景榮轉任。
此人是推官出身，符合任職要求。大理寺級別后，也適合尚書轉任。
再加上大理院掌院是九卿之一，對他不算虧待。
原本的大理寺左少卿姚士慎，這次被提升為大理院協理院事，級別定為正三品。
右少卿周家椿則提升為左少卿，稍稍提升了一點，仍舊是負責審判總署不變。
空出來的右少卿一職，被朱由檢安排推官出身的原驗封司郎中呂維祺擔任，負責審刑總署。
這個人是洛陽新安人，在洛陽講學頗有影響力。
朱由檢從牛金星那里得知后，把他起復到朝廷任官。
最后的九卿衙門通政司，通政使呂圖南被朱由檢安排了重任。
他被派去南京擔任兵部尚書，把北京已經完善的五院制度，在南京推行下去。
通政使一職，朱由檢屬意楊所修擔任。這個人之前就是因為被閹黨廷推為南京通政使，選擇反水投靠皇帝。
他也可以說是鐵桿帝黨，是朱由檢的一把利刃。
但是這個任命，遇到的阻力很大。因為楊所修不但東林黨不待見，閹黨余孽也不待見他。
最終還是在朱由檢的強推下，他才被推舉為通政使，成為九卿之一。
楊所修對此感激涕零，更加清楚地知道，自己必須忠心皇帝。
五院剩下的理藩院，完全由朱由檢任命，他選擇黃立極擔任掌院，孔貞運擔任內藩部長、曹思誠擔任外交部長，一同協理理藩院。
外藩部長周永春、宗正寺右少卿曾楚卿，同樣也屬于理藩院大臣。
至此，京城五院大臣，已經完全任命。
南京朝廷的很多官員，被充實到北京任職。
朱由檢因此又對南京朝廷進行大規模調整，補充空缺官員。
——
最重要的南京兵部尚書，朱由檢選擇了呂圖南擔任。用這個九卿中的帝黨，加強對南京的控制。
他還被任命為南京樞密院僉事，負責南京朝廷的五院組建。
南京兵部右侍郎孫居相，這次被轉任南京戶部左侍郎。
他空出來的職位，被朱由檢任命傅振商擔任。
此人是群臣推舉出的人才，曾任南贛巡撫，以“知兵善謀”聞名朝野。朱由檢想在南京兵部的職位上，看看這個人的能力。
南京吏部尚書孫慎行，是紅丸案的發起者，也是當前最有威望的東林黨人之一。
朱由檢之所以同意起復他，是看重他開國功臣后裔的身份。
孫慎行的祖先，是配享太廟的燕山忠愍侯孫興祖。孫興祖之子孫恪，還因為捕魚兒海之功被封全寧侯，后來被藍玉牽連而死。
如今朱由檢給藍玉案平反，并且給列入功臣廟的功臣后裔盡皆授予海外伯爵爵位。當然要抬出個代表，表明自己的誠意。
孫慎行因此被起復，在紅丸案被重新定性后，朱由檢把他列為南京官員候選，他被廷推為南京吏部尚書。