承認建文君曾經是天子，那么建文諸臣為建文君盡忠，也是理所當然之事。
按照成祖說的“彼食其祿，自盡其心，勿問”，可以不追究他們抵抗靖難的過失，甚至封贈補謚。
這個名單也很好定，因為萬歷皇帝剛即位時，高拱、張居正等人已經趁著皇帝年幼，在南京為建文忠臣建表忠祠，以魏國公徐輝祖為首、方孝孺等人入祠。后來還增補了幾次，已經少有遺漏。
朱由檢應群臣之議，為魏國公徐輝祖、文學博士方孝孺、戶部侍郎卓敬、御史大夫練子寧四人追謚忠貞。
兵部尚書鐵鉉追謚忠襄，長興侯耿炳文追謚武壯，其余人追謚忠惠、忠愍、忠節等謚號。
比較麻煩的是兵部尚書齊泰、太常寺卿黃子澄這兩人，他們是力主削藩逼成祖靖難的禍首。
成祖起兵靖難打出清君側的口號，也曾明確指出齊泰、黃子澄是奸臣。
所以他們是否補謚封贈，在群臣中有些爭議。
一些人認為應該保留兩人的奸臣身份，給成祖起兵留個理由。
一些人則認為方孝孺等人都被追贈了，單留著他們不合適。
朱由檢則覺得無可無不可，認為給齊泰、黃子澄追謚也沒什么。這樣建文君做的錯事，就沒法推到臣子頭上了。湘王之死等事，都要由建文君承擔。
面對群臣商議的給齊泰、黃子澄二人追謚節愍的結果，朱由檢十分大度地表示認可。
并且給徐輝祖、方孝孺、卓敬、練子寧、鐵鉉五人之后封了一個子爵，其他建文忠臣之后，酌情冊封男爵和爵士。但他們都需要去海外開辟領地，才有資格承襲爵位。
這讓群臣更加感受到皇帝的恩德，對此歡呼雀躍。
他們提出的建文三事，這次有一半達到目的
在萬歷年間的建表忠祠和部分恢復建文年號后，文官在建文君臣的事情上，取得新的勝利。
在建文諸臣補謚完成后，朱由檢指著唯一沒有被封贈的耿炳文，向群臣道：
“耿炳文是開國功臣，洪武三年封長興侯。”
“他既然不再被追究罪過，當入太祖功臣廟。”
“還有同樣受牽連的藍玉等人，同樣應該入功臣廟。”
這個說法，讓群臣驚訝莫名，不知皇帝為何把藍玉也扯進來。
如果說耿炳文是為建文君盡忠，建文諸臣平反后自然可以列入功臣廟的話，藍玉又和建文諸臣有什么關系？
對于這個疑問，朱由檢淡淡道：
“卿等難道不知，藍玉案因何而起嗎？”
“洪武年間四大案，空印案是為了糾正前元留下的弊政，胡惟庸案是為了清理有異心的權臣，郭恒案是為了懲治貪腐。”
“唯有藍玉案，你們說為了什么呢？”
群臣有心說是為了殺戮功臣，但是在皇帝面前顯然不能把這個觀點說出來。
禮部尚書溫體仁苦思冥想，想到了皇帝之前提到的朱允炆和朱允熥繼承順序先后，頓時恍然地道：
“藍玉案是因為建文君上位。”
“太祖為了防止吳王朱允熥怨憤，在藍玉等人支持下生出什么事端。”
“故而把藍玉等人除去，給建文君提前除去隱患。”
作為常遇春的妻弟、朱允熥母親常妃的舅舅，藍玉和朱允熥的關系太深了。
太祖既然沒有選擇朱允熥為皇太孫，自然不能把藍玉等人留下來，給朱允炆留下隱患。
本章完</p>