在造艦上取得共識之后，朱由檢當即下令：
“海軍要盡快制定十年造艦計劃，把各項準備做好。”
“之前朕讓海洋研究院艦船研究所設計標準船型，現在進展如何？”
海洋研究院設在海軍學堂，之前是海軍護軍使喻安性在管。
聽到皇帝詢問，喻安性道：
“臣已讓人整理寶船、戰船、馬船、糧船、水船等船型，選擇最好的船只做標準。”
“只是爭議還比較多，暫時沒定下來。”
大明的船只和火炮一樣，都存在種類太多的問題。
這在此時的人看來，不覺得是什么大問題。甚至還覺得不同的船只和火炮，能適應更多的場景。
但是在朱由檢這個經歷過工業時代的人看來，那就實在太亂了。
所以他寧肯拋棄很多火炮種類，降低火炮對各種場景的適應性，只選擇幾種作為制式火炮，方便制造訓練。
如今面對艦船，他也是如此打算：
“以后海軍的艦船，不要分得這么細。”
“按用途分為戰船和運輸船即可，在運輸船的基礎上，衍生出貨船、兵船、馬船、糧船、水船等種類。”
“海軍的運輸船，要能作為武裝商船，必要時加裝火炮，用于海上作戰。”
“這種船只，還可以對外售賣，并且向獲得許可的海商，販賣火炮和火銃等武器。”
喻安性聽到這里，急忙道：
“臣以為這樣不妥！”
“海商若能夠武裝，會更難以管教。”
“臣恐一些人為禍，在海上兼做海賊。”
朱由檢擺了擺手，說道：
“事情沒那么嚴重！”
“海軍部加強管理即可。”
“可以每隔三五年頒發一次許可證，只允許獲得許可的商船武裝。”
“而且這些船只，要在規定的港口停靠，不許隨意跑動。”
“朕的打算，是以這些武裝商船作為預備役，不服役的時候收取免役錢。”
“若是朝廷和敵人交戰，艦船不足的時候，可以征調商船，用于運輸甚至上陣。”
“武裝商船的水手，也都劃入預備役，有在遇到戰爭時服役的責任。”
“海軍的水手、水兵將來退役后，海軍部也要介紹他們加入武裝商船，加強對這些商船的管理。”
這是寓兵于民的舉措，袁可立聽到之后，贊同道：
“此策堪稱極妙！”
“海軍不必在平時的時候，養著許多運輸船。”
俞咨皋等人，同樣也贊同這個舉措。
就這樣，海軍部又多了一個武裝商船管理的責任。
朱由檢在海軍部設立動員司，專門負責海軍預備人員的培養和動員。
對于預備役船舶，他打算設立船級社管理：
“海軍艦船研究所，要制定各種艦船的標準，對一百噸以上的海船定級。”
“所有一百噸以上的海船，在制造時都要遵守一定的規范，方便海軍征用時，統一進行管理。”