“各廳負責的護軍校尉，和六部相關衙門對接。”
沒有使用文官，而是用文職軍官替代。
李邦華對于這個變通也能接受，欣喜地接受旨意。下決心要整頓好京營，不負皇帝信任。
兵部的職位任命后，剩下的就是刑工二部。刑部尚書侍郎，沒有發生改變。
工部尚書薛鳳翔，繼續得到留任。署理右侍郎的張文郁，因為建新城的功勞，重新轉為實任。
被朱由檢屬意負責商務司的工部左侍郎，被群臣廷推兩廣總督商周祚擔任。
至此，京城六部的尚書侍郎，終于徹底滿員，再也沒有空缺。
南京六部尚書，在韓日纘和李長庚被調到京城、黃克纘一再請求致仕的情況下，同樣被大規模調換。
黃克纘空出來的南京兵部尚書，被朱由檢屬意的南京戶部尚書崔景榮轉任。
崔景榮空出來的南京戶部尚書，被群臣廷推應天巡撫、也就是現在的江南巡撫李待問轉任。
韓日纘空出來的南京禮部尚書，被群臣廷推曾經擔任此職、此時在京城閑住的錢象坤擔任。
南京刑部尚書潘浚因病離職，被群臣廷推胡應臺接任。胡應臺是湖廣瀏陽軍籍進士，曾經擔任兩廣總督、南京刑部尚書，如今被重新起復。
李長庚空出來的南京工部尚書，被群臣廷推南京兵部左侍郎張鳳翔擔任。他空出來的位子，被群臣廷推原任陜西巡撫、兵部右侍郎孫居相擔任。
兩人都是屬于東林黨，他們這種做法，讓朱由檢心里有些不快，讓孫居相仍舊擔任右侍郎，沒有提升品級。
這樣調整下來，南京六部尚書，只有王在晉沒變，仍舊是南京吏部尚書。
隨后是任期結束、需要調換的督撫。因為陜西戒嚴，三邊總督和延綏巡撫提前就被任命。保定巡撫盧象升、福建巡撫朱一馮，則是確定留任。
兩廣總督商周祚，被推選為工部左侍郎。他空出來的兩廣總督一職，在朱由檢操縱之下，被群臣廷推原任福建巡撫、打贏澎湖海戰的南居益擔任。
江南巡撫李待問，被推選為南京戶部尚書。他空出來的職位，被群臣推舉山東右布政使曹文衡擔任。
此人在年初二月選官時，就被朝廷調任江西左布政使。但因為他在山東干得太好，被當地百姓挽留。如今八月選官，被再一次升遷，擔任江南巡撫。
云南巡撫謝存仁，因為黔國公沐啟元暴卒案，被朱由檢認為不稱職。在朱燮元的推薦下，朱由檢操縱推舉，任命袁崇煥擔任。
袁崇煥空出來的川貴五省護軍使，被九卿推舉原任四川巡按、曾經在守衛成都時立功的張論擔任。
湖廣巡撫一職，被改為兩湖總督。之前多次請求回鄉養病的閔洪學，也不知是不是適應了湖廣的氣候，已經不再生病，參與了兩湖總督競聘。
朱由檢因為他在湖廣這一年干得還算不錯，讓他轉任此職。
新設的湖南巡撫，則被群臣推舉原任浙江巡撫王洽擔任——這又是一位東林黨人。
這些都是到期調換的督撫，還有沒規定任期、卻同樣需要更換的。長城督師王象乾，就是其中一例。