有這么多人反對，朱由檢也懶得親自下場批判、和群臣就方孝孺的事情爭起來，所以他從善如流道：
“紫閣功臣，確實應該為天下表率。”
“治政或有權變，卻不能心存惡意、故意道德敗壞。”
把李賢這個人選否決，并且打上了道德敗壞的標簽。
這讓群臣對推薦的人選更慎重了一點，免得好處沒撈到，反而被人批判。
內閣首輔黃立極，見到這一幕后，終于代表內閣，又推出一個人選：
“商文毅公三元及第，又輔政憲宗治政，中興大明。”
“人皆說：我朝賢佐，商公第一。”
“商文毅公，當為紫閣功臣！”
內閣大學士不管怎么說，都被人視作宰相。在于謙這個兵部尚書被排在功臣第一后，他們需要推出一個人選，作為大學士的表率。
群臣雖然覺得商輅的功業相比于謙差得遠，有點撐不起來紫閣功臣的稱號。但是除了他之外，那一段時間沒有更合適的人。
再加上商輅三元及第的事情，讓所有經歷過科場的文官服氣。他們對這個人選，至少不會反對。
朱由檢看著群臣的態度，雖然覺得商輅的功業差了點，但是列為紫閣功臣，勉強還算可以。而且因為商輅曾三元及第，民間傳揚起來，不會覺得商輅撐不起，不會覺得紫閣功臣是笑話。所以他贊同道：
“商文毅公德業兼有，當為內閣大學士表率。”
“當為紫閣功臣第二位！”
確定于謙之后，商輅排在第二。
然后又對商輅，封贈爵位神位：
“追贈商輅為淳安伯，后裔世襲指揮僉事。”
“朕會向太祖成祖提議，封商輅為嚴州府城隍。”
只是追贈伯爵，神位也只是府城隍。相比于謙來說，可謂差了許多。
然而群臣想到商輅的功業，大多對此表示滿意。
因為很多人猜測，商輅按功績有可能連爵位都贈不到。皇帝這個封賞，已經稱得上大方。
很多內閣大學士和未來大學士，開始以商輅為榜樣，爭取能有商輅的德業。
商輅之后，群臣還想推薦文臣，朱由檢看不下去，說道：
“正統、景泰年間，多有文臣武將立功，甚至被封爵者。”
“他們也應該為紫閣功臣，不能視而不見。”
讓兵部尚書袁可立，提出功臣人選。
袁可立得到命令，只能提出人選。
首先是三王伯爵之一的王驥，他是憑借平定麓川的功勞，被封為世襲靖遠伯。現在的靖遠伯王永恩，就是王驥后裔。
然后是武將蔣貴，與王驥兩次南征麓川，立戰功第一，累封定西侯。現在的定西侯蔣惟恭，就是蔣貴后裔。