“陛下之前在設置提督時，同時設立護軍使。”
“臣以為當設護軍使，輔佐提督操江。”
這個說法，有點打動了朱由檢。之前他設立護軍使，為的就是協調軍隊和地方關系、保護監督軍隊。
提督操江一職，關系南京的安危，確實不能完全交給勛貴，也不能讓一個人掌管。
否則劉孔昭像孫承蔭那樣貪污軍餉，就不合自己的本意了。
所以他思索之后，說道：
“提督操江一職，以后改為長江水師提督，簡稱長江提督。”
“長江巡閱使兼有護軍使職責，有監督保護長江水師的責任。”
“以后長江上的兵馬，皆歸長江水師。”
把以前分屬文操江和武操江的兵馬合在一起，成為長江水師。
這樣長江提督和長江巡閱使，就成為新的長江水師負責人。
對此袁可立能夠接受，其他文官對提督和護軍使的設置不太明白，再加上巡閱使的衙署在九江和武昌，可能很少去南京。對南京的長江水師，可能談不上監護。
所以太仆寺卿秦士文道：
“長江如此之長，提督和巡閱使又不在一個地方，如何一起承擔長江水師職責？”
“臣以為可將長江分段，再像驛站一樣，在各段設立兵站。”
朱由檢對此頗為贊許，說道：
“具體如何分段，誠意伯和李巡江一起劃分。”
“原則上長江提督負責下游，長江巡閱使負責中上游。”
“長江巡閱使之下，再設一專門的護軍都尉常駐南京，執行護軍職責。”
“中上游的兵馬，同樣要設置將領，作為長江提督下屬。”
把長江上的兵馬，仍舊是主要分成兩部份：下游的南直隸段水師，中上游的長江巡閱府水師。
兩部分又相互交叉，長江提督和巡閱使皆有權插手。
這樣分別制衡，又各有側重，文官都感到滿意了，誠意伯劉孔昭也覺得不錯。
因為這樣一來，他就能插手長江中上游的兵馬了，甚至能通過這支兵馬，插手長江巡閱府。
這時朱由檢又囑咐他道：
“長江水師一定要嚴加操練，并且整頓戰船等武器。”
“長江航道疏通后，沿途可能會出現水匪，長江水師要加強打擊。”
“同時要防止走私，對沿江運貨的船只，可隨時進行抽檢。”
“一旦發現漏稅，可以讓隨行的稅務司官員罰款。并且記錄船主姓名和船號，給予警告處分。”
“警告次數多了，可以發放禁令，禁止其在長江上通行。”
對長江水師的設置，朱由檢主要還是為了收稅。同時有用稅款養一支水師，為以后做準備的意思——
畢竟北方的災害實在太嚴重，如果以后在北方待不下去，他可能會到南京去。那么長江水師，自然要加強建設。
劉孔昭聽到長江水師有剿匪緝私的職權，頓時覺得自己之前的想法是對的，自己可以通過長江水師，插手長江巡閱府。
文官則不樂意了，兵部左侍郎閔夢得道：
“長江上不止有運貨的，還有捕魚的漁民。”