對東林黨人的怨氣如此重視，是因為它關系到士心。
大明開國二百六十年，可以說積弊叢生，士農工商、各個階層，都積蓄著不滿。
這其中，士人的力量最大，影響力也是最強。朱由檢治國也需要他們，需要收攏士心。
閹黨對士人的殘害，正好給了他機會。只要把那些殘害士人的閹黨給處置了，就能收攏一波士心。
歷史上的崇禎皇帝之所以在亡國后被很多人同情，不得不說鏟除閹黨給他加了很多分。正是因為他鏟除閹黨，為被殘害的士人昭雪，讓很多的士人至死效忠，在亡國后仍舊懷念。
如今，朱由檢被吳尚默的話觸動，認識到自己處理閹黨的力度還不夠、為士人昭雪的速度也太慢。立刻把兼任起居注的翰林院官員召集起來，草擬了三條旨意：
一是把魏忠賢派出的鎮守太監全部撤回，改為監督太監，只有監督職責，無權插手事務。
這件事很多臣子都提過，甚至名列閹黨的王之臣，都提議撤銷鎮守太監。但是朱由檢把太監當成自己的耳目，一直沒有松口。
如今他已經認識到，太監在地方完全沒有人心，留著他們只會招來怨憤。
既然把這些人當耳目，那就明確改為監督太監，不讓他們插手地方事務，在地方仗著皇帝授予的權力胡作非為。
二是蘇杭織造太監撤銷，改為內府監織造工坊，進行市場化運作。
之前任命的織造太監王國泰，改為實任南京協同守備太監、南京內府監掌印，把織造機構改為工坊。
這個職位，也是很多臣子所抨擊的。蘇杭織造太監不止是負責織造，還有稅務職責。萬歷年間的織造太監孫隆，就曾在蘇州激起民變，被殺了幾位隨從，逃到杭州避難。
之前的織造太監李實，也被很多人參奏涉及七君子案。朱由檢下令逮捕，交給大理寺審判。
但是稅務還得有人負責，朱由檢已經打算以撤銷各地收稅太監為代價，在朝廷組建專門稅務機構。
三是禁止私自閹割為宦，防止出現下一個魏忠賢。
如今內廷的宦官朱由檢都嫌多，不想留這么多人。所以他就投士人所好，重申《大明會典》自宮禁例，禁止私自閹割。
這三點都是對太監的限制，除此之外，還要為士人昭雪。
朱由檢針對這點，又下了三條旨意：
一是褒贈恤蔭死難諸臣，所有被閹黨定的案子一律重審，為死難士人昭雪。
六君子、七君子、劉鐸、熊廷弼等涉及人命的案件，都要重點重審。只要這些死難者沒有其他問題，就把他們供奉在昭忠祠。
二是解除黨禁，明確廢除閹黨炮制的《東林黨人榜》《東林點將錄》等名單，把那些因為門戶被閹黨削籍的人起復。
雖然朝廷沒有那么多官位，但是該有的致仕待遇都要有，要按曾經的品級和功勛，重新授予勛級。
以后朝廷官位有空缺時，這些人可以列入候選。
三是對閹黨的追責，組建逆案審判委員會，委任官員審判。委任大學士韓爌、右都御史成基命、僉都御史劉宗周、吏部右侍郎董其昌、刑部右侍郎孔貞運、大理寺左少卿姚士慎，負責審判他們。
這六個人都是東林黨或親近東林的官員，用他們去審判閹黨，給死難的士人一個交待。
連續六條旨意，全是針對吳尚默所說。這讓擬旨的翰林院官員，心中很是激動。
此時，他們都覺得當今皇帝是明君，對臣子的意見很重視。吳尚默勸諫之后，立刻就有反應。