對于戶部的這個看法，朱載坖不置可否，但是兵部和五軍都督府是有話說的，這樣確實是可以安排一部分衛所軍戶，但是和之前內閣所提出來的問題一樣，就是容易造成外重內輕的局面，因為現在的大片待開墾的土地，肯定都是在新收復的地方，這些地方才有大量的土地尚未開采，按照戶部所提的這個方案，大量的衛所都將從現在的地方調走，調往緬甸、吉林等地，而導致大明腹地相對空虛，這點是值得注意的。
但是朱載坖認為，現在為了盡快開發這些地方，同時穩定住大明的邊疆，調動大量的衛所前往這些地方是值得的，但是這些新開墾出來的土地所采取的分配方式要和之前不同，朱載坖和戶部商量了之后認為，要實行確權給券制度，這些土地是朝廷的，不能買賣，是朝廷直接分配給軍戶們耕種的，軍戶們按照祖制每軍授田五十畝，不用向朝廷繳納除了科則之外的任何賦稅，如果家中有些被選為脫產軍士，還可以蠲免賦稅。
而這些土地不能買賣，只能繼承，繼承的方式很簡單，誰被選為軍戶就能夠繼承這五十畝土地，嚴厲禁止任何人侵占軍戶屯田，和大明初年的屯田制度不同，大明初年的屯田，是將軍戶一家人都綁縛在衛所上，強迫這些軍戶們世世代代為朝廷充軍，但是現在朱載坖不采用的這樣的辦法，認為將土地作為一種獎勵措施，作為為朝廷服役的獎勵，而不是強迫軍戶充軍。
同時要保障軍戶的權利不受損害，所以要確權給券，將土地分到每個軍戶頭上去，保證軍戶能夠有土地耕種，朱載坖說道：“有地方能養兵，有糧方可用兵，此自然之理也！”對于沒有繼承軍屯土地的軍余子弟，允許其自謀職業，不必將其全部束縛在衛所當中。
對于內閣最擔心的外重內輕的問題，朱載坖認為可以通過制度來建議制衡，首先就是內外的區別的問題，朝廷以往的內僅僅指京營、親軍諸衛和御馬監禁兵，但是現在朱載坖認為要擴大內的范圍，將整個中軍都督府都作為朝廷直接控制的武力，所轄各都司也都是朝廷的戰略預備隊，每年實施京操番上，同時在江淮以南京京營和南京親軍、中都留守司作為威懾江南的武裝力量。
同時隨著北方威脅的減少，也要加強對于北方邊鎮的控制，不管是京操還是調動，都要強化，保證朝廷的權威，各都司也都要實施京操番上，將各都司的精銳調至兩京操演，而且在地方上以都司和鎮協官軍互相制約，鎮協官軍主要是野戰，受總兵、提督的指揮，之前總兵、提督只是差遣，這些軍官們一般都還是在衛所掛銜，如大同鎮總兵照例掛山西都司都指揮同知，宣府總兵掛萬全都司都指揮使等職務，衛所和鎮協呈現出一體兩面的形勢。
但是朱載坖現在要將衛所和鎮協予以區分，衛所官軍負責守城，從小旗官一直到都指揮使再到行都督府五軍都督府，是一條指揮體系，而鎮協官軍從各營、標、分守參將、協守副將、游擊一直到總兵、提督乃至于練兵軍務處，又是一套指揮體制，各有所長，各司其職，在地方上，都指揮使和總兵都從正二品降為從二品，一個負責守城，一個負責野戰，互不干涉，這樣在地方形成制衡。
除此之外，重要的還是對于軍隊本身的控制，朱載坖很清楚，政治教育是很重要的，所以不管是衛所官軍還是鎮協官軍，甚至是京營、親軍諸衛和御馬監禁兵，都要設置鎮撫司，原本鎮撫司是衛所中的職官，負責的法紀、軍糾。還有就是錦衣親軍中的鎮撫司，專辦欽差大案，但是朱載坖現在要求在各衛各標以及京營、御馬監禁兵等官軍各部都要設立鎮撫司。
同時擴充鎮撫司的權力，原本鎮撫司只是一個負責官軍軍紀軍法的部門，但是現在朱載坖將鎮撫司變為朝廷和皇帝在軍中的耳目，鎮撫司長官加指揮同知、都指揮同知、副將、都督同知等銜在官銜上僅次于統兵官，而且鎮撫司除了負責本部隊的軍紀軍法之外，還負責官兵教育，戚繼光之前對于浙兵的教育就很成功，在戚繼光的大力整頓下，薊鎮新軍的軍紀極好，朱載坖認為要全面整頓官軍軍紀，加強忠君愛國的教育，鎮撫司不僅僅是負責軍紀軍法的執行，還要負責官兵教育和對于統兵大將的監督。
所以鎮撫司實行垂直管理，哪怕是各標、營、衛的鎮撫司長官，都要由朝廷直接任命，而且基本上是從錦衣親軍中抽調，鎮撫司接向朝廷奏報，各鎮撫司都是直接向上級匯報，不通過統兵大將，但是鎮撫司也不能干涉統兵大將的指揮，也要維護統兵大將的權威。
除了這些手段之外，朱載坖認為最重要的還是要控制后勤，隨著官軍的火器化程度越來越高，對于官軍來說，后勤的作用就越來越大了，不管是火銃、火炮、手榴彈還是他們所需要的彈藥、火藥都是維系官軍戰斗力的重要物資，和軍糧一樣是須臾不可缺少的。
所以朱載坖認為朝廷控制軍隊，也要從后勤方面予以控制，從朱載坖開始建立軍事工業以來，就是將其盡可能的布置在京師附近，就是為了方便朝廷控制，即便是像造船這樣的行業，也要在北方大力發展，使得朝廷掌握大量的官營造船工業，通過后勤來控制軍隊也是一個重要的辦法。
朱載坖認為要謹慎選擇各軍事工業工場的地點，對于涉及軍器的各種原料也要進行嚴格的禁榷，尤其是火藥等物資，必須牢牢的掌握在朝廷手中，這樣才能夠保證朝廷對于軍隊的控制。</p>