在朱載坖的支持下，五軍都督府這次要求重新再各都司衛所組建倉儲，保證衛所士卒的軍糧軍餉，這確實一個很大的問題，因為再將衛所士卒的軍糧軍餉交給地方之后，衛所旗軍的月糧及其他開支將由地方州縣從倉庫中支付。如若地方富足、倉庫儲備充裕，衛所旗軍月糧等項，自會及時發放；但若地方貧窮、倉庫入不敷出，衛所旗軍月糧等項，就會推遲發放，甚至無糧發放。
但是對于這些衛所士卒們來說，這些月糧就是他們賴以為生的全部了，他們的軍屯土地被侵奪，全部依靠這份月糧來生存，但是對于地方州縣來說，他們又往往將衛所的軍餉視為不急之務，拖欠、甚至于直接不給軍餉都是很常見的事情，這就導致衛所和地方州縣的矛盾越來越大，甚至因此發生嘩變、暴亂的事情屢見不鮮。
隆慶六年安慶衛嘩變就一個很典型的例子，當時的安慶衛指揮使張志學和安慶知府查志隆關系極差，結果安慶知府動用手中的權力暫停了安慶衛的軍餉，這下就整出了大事了，這些丘八爺沒有軍餉，才不管你什么鳥知府不知府的。
據當時的奏報：“張志學遂與指揮馬負圖、張承祖率舍余馬應舉等，及家奴、屯卒四百余人，閉城大噪圍府舍，欲殺志隆等。守備楊遇春不為禁，百姓洶洶。越三日，稍稍解散。南京兵部尚書王之誥等以聞乃遣官校逮志學等，而赦屯軍脅從者。”
本來他們準備將此事完全推給張志學，但是在錦衣親軍訊問的過程中，發現了事情的真相，陸繹奏報給朱載坖，朱載坖命令將兩人一并正法。
當時因為此事科道還紛紛上疏，要求嚴懲鬧事的士卒，他們上疏稱：“國家所恃以振刷天下者，獨法也。法一廢，則犯上作亂其勢不可收拾，故漸弗可弗防也。頃安慶之變雖由官軍挾憤而篾視法，則非一朝一夕之故矣。陛下鑒于往事敕下法司，將安慶官軍盡法宄治，以明憲典，仍誡天下有違法猖亂者，所司即以實聞，勿泥激變。良民之律，相率欺蔽以隳國法。”
但是朱載坖認為像這種由于朝廷不給軍餉而導致嘩變，屬于事出有因，不能夠過于苛責，雖然也要懲處，以彰國法，但是大規模株連就不必了，所以并沒有同意科道的意見的。
但是五軍都督府指出，這種衛所旗軍因月糧短缺，威逼州縣官員，聚眾暴亂，已經是屢見不鮮之事。當然戶部也是有話說的，因為衛所的軍糧軍餉是屬于地方留存部分的，但是對于地方州縣來說，衛所的分布是不均的，有些地方可能一府也只有個別千戶所，但是有些地方由于是軍事要地，可能同時存在多個衛所，對于地方來說，相對壓力就很大，而且地方之間的財力差距很大，如蘇松等地就相對寬裕，而安慶顯然是不如蘇松的。
所以五軍都督府認為為了保障衛所的軍餉，還是要重新建立起衛所的倉儲設施，還有衛所的軍屯籽粒也直接收儲到衛所倉儲中來，保障衛所官軍的糧餉，對于這個問題，朱載坖也是很關心的，衛所官軍的糧餉確實是一個很重要的問題。
畢竟這個群體數量龐大，干系到地方的問題，即便是朝廷，也必須認真對待，朱載坖和一眾臣子仔細商量，對于這個問題，戶部提出了一些意見，應當對于衛所官軍的軍餉予以分類處理。
首先就是脫產的士卒，他們的糧餉肯定是優先予以保障，和鎮協官軍一致，不光有軍餉，還有口糧和眷屬的口糧，這些是必須要保障的，這佃重臣們都很清楚，而除此之外，還有兩種衛所軍士，第一是有軍屯耕種的這些軍戶，他們有田地耕種，而且朝廷現在降低了軍屯的科則，依靠屯田的收入，可以自給自足，這部分軍戶，只要保證了屯田，是可以不用支給糧餉的。
但是要做好存恤工作，給予軍士及背后軍戶家庭甚至家族的寬限優待，保證那些脫產軍士能夠安心服役，首先就是免去其家五十畝的田賦，同時依照前朝的規定：“軍丁各照例優免一丁，在營有余丁，亦免一丁差使。其在三千里外衛所當軍者，原籍本營，亦準各免二丁，令專心服役。”
這部分士卒也是比較好處理的，難以處理的其實是另外一部分士卒，他們的軍屯土地已經被侵占了，賴以為生的土地沒有了，衛所糧餉就是他們的家庭的唯一收入，朝廷不能夠斷絕他們的額糧餉，否則的話，他們就沒有生計了，這點朱載坖和重臣們是很清楚的。
但是現在衛所軍屯被侵占的現象是非常之普遍的，這點朱載坖和重臣們是很清楚的，尤其是腹地衛所，軍屯土地十不存一，這些地方能夠開墾的土地已經都被開墾的差不多了，朝廷根本無法為這些軍戶們在當地給予足夠的土地，這點朱載坖和戶部都很清楚。
戶部提出了一個方案，第一就是在南京附近的衛所，將無地的軍戶調往中都留守司開墾土地，分給軍屯，同時發給證明，這些土地屬于朝廷軍屯，但是軍戶可以世代耕種，與民田一同起科，這樣可以解決部分衛所士卒的生計問題。
第二就是朝廷的各種官營工場也需要工人，也以優先從衛所軍余子弟中招募，朱載坖也明確規定，朝廷各官營工場的工人工食銀要經過朝廷的核定，要能夠養活一家人，同時對于技術精湛的工人，按照技術水平，可以增加工食銀。
第三就是大規模的移民實邊，將這些衛所無地軍戶和軍余子弟調到朝廷新收復的各都司去，利用他們屯墾戍邊，穩固朝廷在當地的統治，通過這種方式，盡可能的減少地方州縣的負擔，同時保證衛所士卒的軍餉。
對于戶部所提出來的三點，朱載坖命令下閣部商議。</p>