楊漣官服原職之后的第1件事情，就是整頓東林內部，提升東林黨的戰斗力，同時為了提升東林黨的士氣，表示自己在東林黨中的重要作用，執行了新官上任三把火的常規。
于是，他的第一把火，直接燒向了魏忠賢，這個閹黨的黨魁。
當時楊漣老調從提，彈劾魏忠賢二十四大罪，御史黃尊素等相繼上疏附議；
按照正常的規矩來看，能被皇帝重新官復原職，就證明皇帝對楊漣的看重，即便他做的事情有些過份，但為了不至于打自己的臉，天啟也應該容忍的。但是他選的時候不對，這個時候是什么時候
這時候全國正在同心協力對抗天災戰亂的關鍵時候，你東林黨人不幫忙也就算了，怎么能在這關鍵時候扯后腿呢
而在這個龐大的未雨綢繆的計劃里，魏忠賢就是這個計劃中的關鍵管家，正是他東挪西借才保證了這個計劃的正常運轉。
魏忠賢的成就能力，就連坐鎮信陽，一向對魏忠賢深懷厭惡的八賢王朱由檢和左光斗，都不得不不佩服，對他的感觀大好。這也就是楊漣寫信給左光斗，請求他加入戰斗的時候，左光斗委婉拒絕的原因之一。</p>
<strong></strong>左光斗還是識得大體的，他知道，在這個時候，魏忠賢是沒有人可以替代的，并且還回信勸說楊漣，要顧全大局，不要為了意氣之爭而意氣之爭，這于國于民不利。
左光斗這樣的忠懇之言，當然被楊漣所反對，在東林大會上痛罵左光斗不懂忠奸，在大是大非上沒有立場，于是果斷的宣布，將左光斗開除出黨。
楊漣鬧的氣勢洶洶，天啟當然要做決斷，于是，他下旨切責了楊漣等人，這也算是一個警告吧。。
但東林依舊不依不饒，工部郎中萬燝論魏忠賢罪，言辭更加激烈，話里話外的捎帶上了皇帝，終日沉迷后宮，沉迷木匠，聽信魏忠賢讒言，說他就是一個昏君。
現在天啟正被內憂外患弄的焦頭爛額肝火旺盛呢，結果被中萬燝說自己是昏君，當時天啟委屈的都哭了。
我沒日沒夜拼死拼活的操勞，我連我兒子都幾乎幾日不看一眼，我連我最喜愛的木匠都不做了，木工車間都改成了文牘公文倉庫了。每日天不亮就上朝，一直到天黑，你們回家睡大覺去了，我還得在房接見各種各樣的的大臣。結果你這么說我，你這不是睜眼說假話嗎，既然你如此睜眼詆毀我這個勤勉辛苦的皇上，那我絕對不能饒你，于是吩咐將他杖斃了。
這下算是徹底的捅了馬蜂窩，當然，他們也看到天啟真的急了，天啟現在也沒有什么可詬病的，于是東林立刻發動他們天下正義化身，圣人喉舌的潛力，號召全天下士子討伐閹黨魏忠賢。這時候，不甘寂寞的魏大中看到了機會，尋死的自動跳出來了，在民間奔走呼號。