天啟七年（1627年）初，后皇帝皇太極一面派遣方金納為首的九人代表團，前往寧遠與當時的遼東巡撫袁崇煥議和，以疑惑明朝方面。一面派鑲藍旗旗主阿敏、鑲白旗旗主阿濟格、鑲紅旗旗主岳托，貝勒濟爾哈朗、杜度、碩托，總兵李永芳等人率大軍攻打東江鎮，以解除心腹之患。對于后金的出兵人數，袁崇煥說有十萬：“聞奴兵十萬掠鮮、十萬居守。”朝鮮認為毛文龍必敗，為自保倒向后金，向后金大軍提供朝鮮服裝“引賊俱換麗帽麗服”冒充朝鮮軍圍攻鐵山。鐵山都司毛有俊等率千余名守軍與后金大軍血戰，戰至最后一卒，無人肯降，毛有俊拔刀自刎，壯烈殉國。
隨后，后金鐵騎乘冬季冰堅，進攻與鐵山僅三里之隔的云從島。毛文龍率部英勇反擊，派部將毛有見、尤景和等逆襲后金軍。雙方在冰面上展開激烈戰斗。東江健兒面對武器、裝備和人數都占優勢的后金軍，毫無懼色，浴血奮戰，雙方互有殺傷，后金軍強攻多日，始終不能前進一步。后金主帥阿敏見部隊傷亡太大，占不到半點便宜，遂遷怒于朝鮮人，轉而進攻朝鮮義州和安州，攻破城池，大開殺戒。得手后，又率大軍移向朝鮮首都王京，準備滅掉朝鮮稱王，朝鮮國王李倧一面倉皇出逃，一面遣使向明朝和毛文龍請罪，說導敵不是自己的主意，而是臣子所為，請求援救。
天啟皇帝認為朝鮮雖然協助后金，但不應該計較屬國的過錯，才是□□氣量。于是下詔給毛文龍，要求毛文龍不計前嫌，出兵援朝。他說：“奴兵東襲毛帥，銳氣未傷，深慰朕懷。麗人導奴入境，固自作孽，但屬國不支，折而入奴，奴勢益張，亦非吾利。還速諭毛帥相機應援，無懷宿嫌，致誤大計。”
毛文龍接到詔書以后，不顧自身糧餉短缺，毅然率部進入朝鮮，反擊后金大軍。在天寒地凍的環境中，東江軍衣不蔽體，食不果腹，每日“拉死尸為食”，仍在毛文龍的激勵下，頑強作戰。雙方在宣州、晏庭、車輦、義州等地反復拉鋸，而隨著天氣逐漸轉暖，戰事逐漸向有利東江軍的方面轉變。隨著河水、海水的解凍，東江軍逐漸依靠朝鮮境內的大小河流，把以騎兵為主的后金困住，多次重創敵軍，“三戰三捷，困奴于銀杏江”，隨于千家莊、瓶山一帶與后金主力展開決戰，“文龍自率兵出，大戰，殺固山三、牛鹿八人，斬兩千余級。”阿敏不得不放棄在朝鮮稱王的打算，“殺出一條血路回到本土”，東江軍取得了戰役的最后勝利。
“丁卯之役”之始，后金判斷明軍主帥毛文龍極有可能在鐵山，遂于朝鮮方面勾結，冒充朝鮮人突襲鐵山，若成功便能成為一次出色的“斬首行動”，體現了其首領皇太極一慣大膽、果斷的作風。但是，由于非常偶然的原因，毛文龍不在鐵山，后金突襲失敗，使得戰事變為持久戰，一拖再拖，最終讓明軍反敗為勝。
后金主帥阿敏在突襲鐵山失敗，強攻云從不下的情況下，遷怒朝鮮，又想“東邊損失西邊補”，在朝鮮撈一票，甚至打算在朝鮮稱王，不但沒有成功，反而將朝鮮推向明朝方面。戰役后期，隨著天氣轉暖，騎兵為主的后金軍十分被動，甚至有可能被困死于鴨綠江以南，阿敏卻一再拒絕撤軍，終于令后金軍在瓶山決戰中蒙受重大損失。
“丁卯之役”使得皇太極用軍事手段解決東江鎮明軍的戰略失敗了，不得不轉而尋求外交和政治手段解決的途徑，“通款崇煥，求殺文龍”。但是，他至少利用明軍削弱了牛錄比自己還多的兩個旗：阿敏的鑲藍旗、阿濟格的鑲白旗的實力，解除了此二人對其汗位的威脅。可以說，無論后金“丁卯之役”在軍事上成功與否，對皇太極個人來講，都是勝利的。
影響編輯
朝鮮被迫與后金互市，并向后金進貢。在與明朝關系惡化之后，后金的經濟至此得以恢復。
戰后，朝鮮仍舊視明朝為宗主國，并派人上表，將戰爭經過告訴明廷。
學者徐東日認為，丁卯戰爭使得朝鮮蒙受巨大屈辱和苦難。在此之前，朝鮮人一直自視為文明之邦，將女真人視為蠻夷；丁卯戰爭以后，朝鮮人對女真人的態度由蔑視轉為敵視。
雖然朝鮮向后金朝貢，后金也給予朝鮮賞賜品，但兩國的關系依然緊張。執掌朝鮮朝政的依然是反后金親明的西人黨。在儒家思想的影響下，不少朝鮮大臣認為明朝助朝鮮擊退日軍，朝鮮理當與明朝交好抗擊后金。因此朝鮮拒絕廢除明朝年號，并依舊保持與明朝的關系。這為后來1636年后金（清）的再次入侵（丙子胡亂）埋下了伏筆。
對于明朝方面來說，“丁卯之役”使得擁有數萬驕兵悍將的鑲藍旗精銳喪盡，即使休整兩年也未恢復元氣，其余參戰后金軍也多有損失。是為明軍與后金交戰以來，所取得的最重大勝利，而這又是在明軍極為艱苦的環境下所取得的，更加可貴。對此，登萊巡撫李嵩評價說：“奴以十萬之眾□□東江，毛文龍乃能于狂烽正熾之際，奮敵愾迅掃之威……毛帥之功于是乎不可及矣！”
李嵩的繼任者孫國禎（收復澎湖列島的民族英雄）也認為：“臣看得毛帥孤懸絕島，遠泊水鄉，溟霧胡風，侵肌撲面，寒煙冷月，泣晝憐宵。七年正月以來，五戰而五勝，諦觀宣州、車輦、義州西門、龍山諸役，皆令人舌咋心驚，色飛神動。然義州西門之捷，獨雄而奇，蓋其俘獲者皆名酋，今之系紐而獻者，此也。宣州諸路之捷，又險而奇，蓋毛帥親中二矢，不為少動。自五、六年以來，大小幾近百戰，積俘至四百七十有零，搶獲器械、馬匹累百，近日續報者不與焉。”
“職惟知盡忠報國，絕不肯偷身自免！”東江主帥毛文龍戰時如是說，他親冒矢石，身中數箭，猶死戰不退！在毛文龍的激勵下，東江健兒人人奮勇，與后金軍舍身搏斗，鮮血染盡三千里江山。在中國的意大利傳教士衛匡國向歐洲人介紹說：“此次戰役之激烈為中國所未曾見。”，并說：“抗拒韃靼人最有力的要數英勇蓋世的大將毛文龍。”
朝鮮史料則認為是朝鮮民間的義軍打敗了后金大軍，毛文龍坐困窮島，毫無作為。
朝清戰爭
后金□□哈赤為避免兩面作戰，對朝鮮采取拉攏的政策，多次派遣使臣赴朝鮮投書，希望朝鮮與明朝脫離關系，與后金結盟。但是朝鮮不為所動，仍然支持明朝，反對后金。后金面對明朝與朝鮮的夾擊，決定向較弱的朝鮮開刀。清天聰元年（1627年），皇太極與貝勒阿敏親自領兵入侵朝鮮，史稱丁卯胡亂，朝鮮軍隊不敵清兵，仁祖與群臣逃往江華島，結果朝鮮與后金議和，約為兄弟之邦，朝鮮并向后金歲貢。
1636年丙子（明崇禎九年，朝鮮仁祖十四年，后金崇德元年），皇太極正式由汗改稱皇帝，改國號大清，族名滿洲。他事先將此事通報朝鮮，希望朝鮮參與勸進。朝鮮聞訊大嘩，積累近10年的憎惡、羞辱情緒一并迸發。朝鮮臣僚紛紛痛切陳詞，“使彼虜得知我國之所秉守，不可以干紀亂常之事有所犯焉。則雖以國斃，可以有辭于天下后世也”。在一片慷慨激昂的氣氛下，仁祖拒不接見后金使團，不接受其來書。后金使團憤然離開漢城，沿途百姓“觀者塞路，頑童或擲瓦礫以辱之”。
仁祖在三田渡向皇太極跪拜
該年四月，皇太極在沈陽正式舉行稱帝大典，朝鮮使臣羅德憲、李廓拒不下拜。皇太極非常氣憤，認為這是朝鮮國王有意構怨，決定舉兵再征朝鮮。該年十二月二日，皇太極親自統帥十萬大軍親征朝鮮。清軍渡江后，揚野戰之長，舍堅城而不攻，長驅而南，僅僅十二天便抵達王京城下。京畿之內“上下惶惶，罔知所為，都城士大夫，扶老攜幼，哭聲載路”。仁祖再次將王妃、王子和大臣妻子送往江華島避難，自己則率領文武百官退守南漢山城等待各路勤王軍的到來，同時派出崔鳴吉等人赴清營談判，拖延時間。朝鮮請和書中寫道“朝鮮國王謹上言于大清寬溫仁圣皇帝：小邦獲戾大國，自速兵禍，棲身孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之約，恤小邦生靈之命，容令小邦改圖自新，則小邦之洗心從事，自今始矣。必欲窮兵，小邦理窮勢極，以死自期而已”云云。皇太極見朝鮮君臣求和之切，毫無斗志，乃對其迫降，下令清軍包圍南漢山城，伐木列柵，繞城駐守，山城內糧草斷絕，不得不殺馬充饑。各路勤王軍隊也被清軍擊敗，朝鮮君臣只有坐困孤城。仁祖曾經爬到南漢山城的南門，看到城下清軍黑壓壓一片，不禁長嘆。清軍在望月峰上升白旗書招降二字，又致書仁祖，令其出城投降。仁祖則復書“重圍未解，帝怒方盛”，所以不能出城請降，“古人有城上拜天子者，蓋以禮有不可廢，而兵威亦可怕也……”。見朝鮮方面還在糾纏于出城投降的細節，不耐煩的皇太極下令用火炮攻城，同時清軍又攻占了江華島，俘虜王妃、王子、宗室76人，消息傳來，見大勢已去，仁祖只好求和。
1637年正月三十日，仁祖率領群臣出南漢山城，徒步前往漢江東岸的三田浦清營拜見皇太極，伏地請罪。皇太極降旨赦之。雙方筑壇盟誓，朝鮮去明年號，繳納明朝所賜誥命敕印，奉清朝正朔，定時貢獻，并送質子二人。此外，朝鮮朝廷中主戰最堅決的洪翼漢、尹集、吳達濟三人被清軍索要，在沈陽就義，號稱“三學士”。此役為朝鮮歷史上著名的“丙子虜亂”。清朝班師途中順勢攻陷皮島，拔除了明朝在遼東沿海的最后一顆釘子。
丙子虜亂之后，朝鮮成為清朝的附屬國。世子李溰長居沈陽，另外一質子則由鳳林大君和麟坪大君輪流擔任。同時朝鮮還要歲貢黃金百兩、白銀千兩、白苧布200匹、各色綿細2000匹、各色細麻布400匹、各色細布萬匹、米萬包等等。
具有高度發達的儒家文明、以“小中華”自居的朝鮮淪為落后的山林狩獵民族建立起來清朝的藩屬國，在當時的朝鮮是令君臣黎民都痛心疾首的事情，丙子虜亂對朝鮮社會、文化的沖擊非常大。國王和兩班的權威一落千丈。清朝的征索也加重了朝鮮的負擔。經濟掠奪、政治欺壓、文化差異，使得終朝鮮之世，思明反清的情緒一直都是社會思潮的主流。
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