先是，八月中，我□□高皇帝晏駕，崇煥遣使吊，且以覘虛實。我太宗文皇帝遣使報之，崇煥欲議和，以書附使者還報。我大清兵將討朝鮮，欲因此阻其兵，得一意南下。七年正月，再遣使答之，遂大興兵渡鴨綠江南討。朝議以崇煥、之臣不相能，召之臣還，罷經略不設，以關內外盡屬崇煥，與鎮守中官應坤、用并便宜從事。崇煥銳意恢復，乃乘大軍之出，遣將繕錦州、中左、大凌三城，而再使使持書議和。會朝鮮及毛文龍同告急，朝命崇煥發兵援，崇煥以水師援文龍，又遣左輔、趙率教、朱梅等九將將精卒九千先后逼三岔河，為牽制之勢。
時率教駐錦州，護版筑，朝命尤世祿來代，又以輔為前鋒總兵官，駐大凌河。
五月十一日大清兵直抵錦州，四面合圍。率教偕中官用嬰城守，而遣使議和，欲緩師以待救，使三返不決，圍益急。崇煥以寧遠兵不可動，選精騎四千，令世祿、大壽將，繞出大軍后決戰；別遣水師東出，相牽制；且請發薊鎮、宣、大兵，東護關門。朝廷已命山海滿桂移前屯，三屯孫祖壽移山海，宣府黑云龍移一片石，薊遼總督閻鳴泰移關城；又發昌平、天津、保定兵馳赴上關；檄山西、河南、山東守臣整兵聽調。
世祿等將行，大清已于二十八日分兵趨寧遠。崇煥與中官應坤、副使畢自肅督將士登陴守，列營濠內，用炮距擊；而桂、世祿、大壽大戰城外，士多死，桂身被數矢。
大軍亦旋引去，益兵攻錦州。以溽暑不能克，士卒多損傷，六月五日亦引還，因毀大、小凌河二城。時稱寧、錦大捷。
忠賢因使其黨論崇煥不救錦州為暮氣，崇煥遂乞休。中外方爭頌忠賢，崇煥不得已，亦請建祠，終不為所喜。七月，遂允其歸，而以王之臣代為督師兼遼東巡撫，駐寧遠。及敘功，文武增秩賜廕者數百人，忠賢子亦封伯，而崇煥止增一秩。尚書霍維華不平，疏乞讓廕，忠賢亦不許。
未幾，熹宗崩。莊烈帝即位，忠賢伏誅，削諸冒功者。廷臣爭請召崇煥。其年十一月擢右都御史，視兵部添注左侍郎事。崇禎元年四月，命以兵部尚書兼右副都御史，督師薊遼、兼督登萊、天津軍務，所司敦促上道。七月，崇煥入都，先奏陳兵事，帝召見平臺，慰勞甚至，咨以方略。對曰：“方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，計五年，全遼可復。”帝曰：“復遼，朕不吝封侯賞。卿努力解天下倒懸，卿子孫亦受其福。”崇煥頓首謝。帝退少憩，給事中許譽卿叩以五年之略。崇煥言：“圣心焦勞，聊以是相慰耳。”譽卿曰：“上英明，安可漫對。異日按期責效，奈何？”崇煥憮然自失。頃之，帝出，即奏言：“東事本不易竣。陛下既委臣，臣安敢辭難。但五年內，戶部轉軍餉，工部給器械，吏部用人，兵部調兵選將，須中外事事相應，方克有濟。”帝為飭四部臣，如其言。
崇煥又言：“以臣之力，制全遼有余，調眾口不足。一出國門，便成萬里，忌能妒功，夫豈無人。即不以權力掣臣肘，亦能以意見亂臣謀。”帝起立傾聽，諭之曰：“卿無疑慮，朕自有主持。”大學士劉鴻訓等請收還之臣、桂尚方劍，以賜崇煥，假之便宜。帝悉從之，賜崇煥酒饌而出。崇煥以前此熊廷弼、孫承宗皆為人排構，不得竟其志，上言：“恢復之計，不外臣昔年以遼人守遼土，以遼土養遼人，守為正著，戰為奇著，和為旁著之說。法在漸不在驟，在實不在虛，此臣與諸邊臣所能為。至用人之人，與為人用之人，皆至尊司其鑰。何以任而勿貳，信而勿疑？蓋馭邊臣與廷臣異，軍中可驚可疑者殊多，但當論成敗之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，為怨實多，諸有利于封疆者，皆不利于此身者也。況圖敵之急，敵亦從而間之，是以為邊臣甚難。陛下愛臣知臣，臣何必過疑懼，但中有所危，不敢不告。”帝優詔答之，賜蟒玉、銀幣，疏辭蟒玉不受。
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