陳娟被救活眼睜睜看著自己被撞死后，必然還要繼續生活下去；陳娟被槍擊打死必然不會被報道死于火車爆炸；自己在源代碼中打電話給教授差一點接通.
種種跡象讓不停穿越（再賦值）的林云斌慢慢意識到：8分鐘后，源代碼雖然運行完畢，但是與這8分鐘運行相關的世界仍在繼續，且與現實世界不同！這是重新創造的幾個不同的新世界！如果自己改變其中一個世界的必死結局也許可以讓自己在這個世界繼續存活下去。
所以他強烈要求女上尉再給他一次機會，并在結束后終止自己在現實世界的生命，也許他是怕自己的意識被拉回現實世界吧。
后面的就很好理解了，林云斌的意識在新創造的世界中改變了李正的命運，意識得以在其身上延續，而此時新世界中沒有發生火車爆炸事件，所以植物人林云斌還躺在實驗室里等待任務，而女上尉也接到一條莫名其妙的短信。
短信中，新李正通過女上尉暗示植物人，總有一天，植物人林云斌的意識也會在一次新世界的創造中改變自己的命運，并在這個世界中以另一種形態生存下去的。
過于簡單有時恰恰不能把事情交代清楚，所以我再嘗試用稍微復雜點的語言再補充說明清楚：
源代碼到底是什么，怎樣形成，特別有意思，并且對理解本片至關重要。博士指出源代碼形成是依據大腦的兩個特性：
第一個特性是人死后腦電波不會馬上斷電。換言之，人死后在一段時間內大腦內所有信息和各種記憶跟生前是沒有兩樣的，當及時采用先進科技通電維持，是可以讓大腦信息得以提取和永存的。
繼續深究下去可以很容易得出一個結論，源代碼的世界不是由一個人的腦信息構建的，而是由火車上所有死者的腦信息交叉、疊加而成，這個世界也許沒有現實世界那么完整，但已經非常逼真地接近了。這一點很好的解釋了源代碼世界為什么如此多姿多彩，且能調用死者很久之前的記憶，以及可以跟火車以外的世界相聯系。
第二個特性是腦電波在斷電前會將死亡之前8分鐘逐漸強化成深刻記憶（殘像），這個記憶相對于第一個特性中的各種大腦信息要更為清晰、實質，足以讓教授將所有人的8分鐘疊加成一個非常清晰的虛擬世界，并在其中很方便的找到李正的記憶加以清除。
這里必須加以說明，李正的8分鐘記憶是肯定被清除了的，因為陳娟認識他，但他不認識陳娟。但是作為構建整個源代碼世界的信息提供源之一，李正8分鐘前的全部大腦信息因為沒有8分鐘的記憶來的深刻，是沒那么容易被搜索且清除的，所以林云斌每次對著鏡子看，都能清晰成像出李正的樣子，要知道，李正對于林云斌來說是素未謀面的。
為什么要清除李正的記憶殘像呢，其實是為了讓林隊長的腦電波有一個相對匹配的載體得以運行。他并非真死，他實際上是變成了植物人，但是大腦沒死，但是他在假死前也形成了較強烈的死前記憶，并且在之后的2個月內沒有形成記憶，而這個死前記憶也是被教授清除了的，所以他只記得死前是在機艙里，但不記得被擊中，直到有人提起后才讓他恢復記憶——簡單地說就相當于硬盤數據恢復。
源代碼產生的新世界可以無限持續下去，這個偉大發現是被林隊長在多次穿越中慢慢體會出來的。
教授應該不知道自己無意中打開了重建新世界的大門，當然這是我個人的想法，個人不太傾向于他知道內情而故意隱瞞真相這種看法。