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和斯坦因不通漢語不同，F國探險家伯希和是個漢學家，他是傳教士以外，西方漢學界中罕有的能講流利京城話的學者。
1906年，伯希和帶隊開始中亞考察，并在柱州圖木舒克發掘了大量的雕塑、壁畫、陶器和雜物、雕刻品或版畫，之后又于次年抵達庫車，發現了庫車綠洲西緣惟一的一處佛教大遺址群，又大肆發掘了八個月，發現了用婆羅米文書寫的久已失傳語言的文件。
1907年10月，伯希和的隊伍抵達了烏市，在這里，他第一次聽說了敦煌莫高窟發現了藏經洞，并且獲得了一卷藏經洞寫本。
在看到這卷寫本之后，伯希和當即意識到，這是八世紀的珍貴文物。他立刻取消了從烏市向西北方向前進的原訂計劃，立即趕赴敦煌。
在斯坦因離開敦煌大半年之后，1908年2月，伯希和的隊伍抵達了敦煌莫高窟。
來到莫高窟后，伯希和一邊開始對所有洞窟進行編號、測量、拍照和抄錄各種文字題記，一邊和王道士進行交涉，他一口流利的的漢語很快就博得了王道士的好感。
“道長，我是個漢學家，需要對藏經洞的經卷和文獻進行一下梳理。”
伯希和面對著王道士侃侃而談，他看著對方的眼睛，一臉誠懇地說道，“這樣的石窟，是保護不了這些經卷、文獻的，要么重建，要么換一個地方，讓真正懂得它們的人去保管它們。”
王道士自從無意間發現了藏經洞之后，心里面一直都希望官府能夠出面來保管藏經洞里面的這些經卷、寫本，然而除了一個汪縣令曾經來到藏經洞和自己一起檢點、封存了里面的經卷、寫本之外，再沒有引起任何官員的重視，這讓他感到很失望。
可藏經洞是他發現的，他又做不到撒手不管，如今聽到這洋人說，石窟破敗，無法好好保存這些經卷、寫本之后，心里面就起了要重建莫高窟的想法。
可重建莫高窟，需要大筆的資金，這些錢從哪里來？
由于對伯希和有了好感，王道士在半推半就之下，讓伯希和等人進入了藏經洞。
用了三周的時間，伯希和詳細整理了藏經洞的經卷、寫本和繪畫，并從中選出了最有價值的經卷、繪畫等文物。
計劃重建莫高窟的王道人，最后同意以500兩銀子（約90英鎊）的價錢把這些文物賣給了伯希和。伯希和從而獲得了6600卷精品，其中古藏文2700卷，非藏文卷子3900卷，被打包裝車。
因為斯坦因不懂中文，他帶走的經卷、寫本和繪畫中有很多沒有價值的東西，與之相反，通曉包括漢語在內的13國語言的伯希和選出的文物全都是絕品，其中也包括了新發現的唐代新羅僧人慧超所著的《往五天竺國傳》。
1909年，伯希和讓手下攜帶大量敦煌遺書運回巴里斯，自己僅帶了一小部分輾轉來到了京城，并認識了數位京城學者。
這些京城學者看到伯希和手中的這些敦煌遺書，都忍不住嘖嘖稱奇。
當時有一人上前說：“伯君，如此精品，世所罕見。這些寶卷隨你回國，再也見不到了，可否將這些經卷拍成照片，贈送給我們一份？”
本就做賊心虛的伯希和連忙答應，他勸京城學術界的這些人，敦煌石室中還有8000余卷遺書，應早日派人前往保護，以免被別人奪走。
得知敦煌文物大量流失，京城學術界大驚失色，立刻上書，要求清廷保護好這些敦煌文物。
宣統二年（1910），清廷學部獲悉敦煌石室文物流散消息后，電令駐金城的隴右總督，讓敦煌縣縣令調查清點藏經洞文獻，不許賣給外人，并讓隴右布政使押運送京，交京師圖書館收藏。
那時候，已經一心想要重修莫高窟的王道士，在官府來人之前，又私藏了若干經卷、寫本和繪畫。
同年前后，王道士將數十洞窟鑿通，使各洞相通連，大量壁畫遭破壞。他還修建“古漢橋”，以便利朝山拜佛者上下，又搬出各窟殘塑，造“千相塔”，有廷學政撰文并雕刻《敦煌千佛洞千相塔》碑，以記其事。