為了獲取潘多拉的相關情報，櫻田純一直臥底在動物園組織臥底，并在三個月前真正發現了潘多拉的蹤跡，比動物園組織更搶先一步，得到了這個世界的“潘多拉”。
而當兩枚潘多拉寶石同時出現的時候，櫻田純一瞬間窺探到了世界背后的運行軌跡兩枚潘多拉所代表的兩個平行世界，正在進行世界融合。
原來，不論是櫻田純原本的世界，還是現在穿越過來的世界，其實都是從動漫衍生而來的、有缺陷的世界。
薔薇少女和蠟筆小新世界的組合世界，不但有滯留在此的第七人偶雪華綺晶，還要接連不斷遭遇外星人入侵和地球危機。
柯南世界則是以米花町為重災區圓心殺人事件頻發，子彈與炸彈齊飛，四季年月日時間陷入混亂。
為了避免世界徹底陷入無法挽救的混亂，兩個選擇世界融合自救，通過融合來互相彌補各自世界的致命缺陷。
當然，世界融合并不是一件簡單的事，需要兩個世界身負大氣運的主人公們之間產生接觸，雙方的聯系越緊密，世界的融合進度也就越順利。
于是潘多拉寶石作為促進兩個世界融合的橋梁登場。
櫻田純“幸運”得到兩枚潘多拉，潘多拉在櫻田真希的工作室“被摔碎”分裂，警校組在人偶身體中“復活”，櫻田真希和小人偶們的互穿，震撼值進度條，安室透手機中出現的群聊這些都是冥冥之中，潘多拉為了促進兩個世界融合而發揮的作用。
聽完松田陣平和萩原研二的轉述，大家大為震撼。
他們有預想到這件事不會簡單，但沒想到竟然這么不簡單
連世界融合這種事情都要發生了
尤其其中還涉及到動物園組織和難以控制的潘多拉這個變量，大家的表情一個個變得嚴肅起來。
只有櫻田真希沒被逐漸沉重的空氣影響，眼睛一亮“所以以后我經常能來米花町串門了嗎”
雖然她現在能夠穿越，但誰知道這種穿越機制什么時候會停止。
所以櫻田真希每次都是抱著最后一次見到透子和其他人的心態，無比珍惜每一次機會，恨不得將所有能打卡的地方全部打卡，所有能認識的角色也全都認識一遍
可是，如果世界融合了。
櫻田真希忍不住在腦海中開始幻想起來。
以后可以每天早上去波洛咖啡廳吃透子特制的三明治，中午拜訪毛利偵探事務所工藤宅阿笠宅，下午小學放學圍觀死亡小學生觸發殺人事件破案，晚上和小蘭園子約飯，最后心滿意足地回家陪小人偶們玩
“太棒了”櫻田真希陶醉地雙手捧臉。
小人偶們“”
這個二次元沒救了。
接收到大家如出一轍的半月眼，櫻田真希這才勉強收斂了周身冒出的小花花，重新談起正經事。
“奇怪，既然爸爸他這么早就知道了真相，怎么一直沒來找我，把這件事告訴我呢”
萩原研二想了想“櫻田先生只說現在還不能和真希你見面，剛好在你們來前一段時間離開，沒有解釋具體的原因，不過我推測，大概是因為真希你身體里的那枚潘多拉碎片有什么限制。”
櫻田真希摸摸自己，疑惑臉“我身體里也有潘多拉碎片”
她一直以為只有小人偶們才有潘多拉，畢竟她又不需要潘多拉為她生命力什么的。
“真希你肯定有。”旁邊一直若有所思聽著的安室透開口，“穿越、以及進度條顯示，都是潘多拉的功能。”
松田陣平“而且真希你的那片潘多拉碎片，應該屬于潘多拉的核心。”
諸伏景光“櫻田先生能和同樣擁有潘多拉碎片的松田和萩原見面，卻單單不能見真希你，或許正是因為兩個世界的潘多拉核心區域不被允許同時出現在一個地方的緣故。”
伊達航“而且只有真希你能看到震撼值進度條。”
工藤新一幾人緊跟其后也加入討論“真希，進度條機制具體是怎么樣的我在想有沒有可能，這個進度條只是掛了一個所謂的震撼值的名字，實際情況是兩個世界的融合進度”