忍者少女講述的是一個發生在距離忍者活躍的時代已經過去很久的世界的故事。
名叫櫻的女孩兒本來是個隨處可見的普通女孩兒。
除了比其他人更陽光樂觀一些外，并沒有什么可以特別拿出來單獨說的優點。
在她生活的時代中，忍者已經是幾百年前的傳說了。
大家都過著普通的日子。
然后某天櫻放學的路上，突然有什么東西從天而降，一下子砸破了她前方的地面。
櫻靠近去看，發現竟然是一只極為漂亮的鳥。
只可惜它現在滿身都是傷，那艷麗的羽毛也變得狼狽暗淡了。
再這樣下去，它會死的。
這樣擔心的櫻跳了下去，她脫下外衣包住了受了傷的漂亮鳥兒，準備帶它去醫院。
誰知才爬出坑洞，就遭到了攻擊。
“危險”
來自違背人們常識站在半空中的人的攻擊瞬間擊中了櫻。
雖然重傷的鳥兒及時擋下了攻擊，但攻擊造成的沖擊還是把櫻和鳥兒一同吹飛了出去。
關鍵時刻，為了救下鳥兒，也為了自己能活命。
櫻和鳥兒簽訂契約。
獲得了名為天空之匙的神器，通過神器的力量變身成忍者少女，臨時擊退了來襲的敵人。
在這之后，櫻也從鳥兒口中得知了事情的前因后果。
首先是那只漂亮的鳥。
它是古代神樹的守護獸，而攻擊它的，是妄圖得到神樹力量統一世界的。
他們垂涎著神樹中的力量，渴望用它顛覆世界。
而神獸，自古就是守護神樹的最后防線。
過去他們同忍者簽訂契約，通過賦予忍者神樹的力量來跟他們對抗。
五百年前神獸們和搭檔一起拼盡一切力量將這些惡徒全部封印了起來。神獸也因此耗盡了力量陷入了沉睡。
明白情況的危機性的櫻毅然決然的要跟神獸一起作戰，保護自己的家園。
“雖然我什么都不懂，但還請多指教。”
就這樣，櫻和代表天空的鳥型神獸一起，開始了同神樹之影的抗爭。
通過一次次的戰斗，她飛速的成長著，從一無所知，到足以獨當一面。
在這其中，還遇到了跟代表海洋的神獸簽訂了契約，擁有海洋之匙的天才少女彌生。
眼鏡娘彌生雖然在戰斗方面稍顯遜色，但她獨有的治愈能力和聰慧的大腦總能讓他們一次次通過各種手段化險為夷。
而其中粉絲群體最特別的律子，她的情節就更跌宕起伏了。
因為她原本是黑惡勢力神樹之影的戰士。
前面甚至兩次差點讓櫻和彌生陷入絕境。
但她其實也是個可憐人。
她原本是一個狂人科學家的試驗品，目的是為了復制五百年前有名的強大忍者律。但她雖然擁有強大的力量，卻生性善良，并不愿把自己的力量用在殺戮弱小上。于是就科學家就把她交給了神樹之影洗腦，成為了神樹之影最優秀的戰士。
最后在跟櫻還有彌生的戰斗和勸說中，終于找回了自己，并且成功喚醒了大地的神獸，成為了最后一名忍者少女。
這樣又是冒險，又是生死對決，又是絕境救贖的劇情。
在這個缺乏娛樂的世界里自然是勾的人們嗷嗷叫好，明明1才剛出，就有一大堆人血書要2。
2呢沒有2我們的人生毫無樂趣啊
而更讓自來也這個作者震驚的，還是有一大堆人在雨月商店還沒有放出周邊之前，就已經沖到各個分店和有合作的商店處要求花錢了。
更有一些格外有錢的人直接找到了忍村下委托。
我不管，我就是要周邊。
你們這些忍者發什么呆啊，快給我想想辦法
“錢我有的是快把忍者少女的周邊給我”
“我的小櫻花我的彌生妹妹我的律子姐姐趕快的”
“你們怎么能反應這么慢呢到底知不知道怎么掙錢啊”，，