在接收俘虜人員的同時，海漢也派出部隊開始對宮古島南部的十八芝大本營區域進行清查。盡管鄭芝龍承諾了會將十八芝的資產交給海漢，但王湯姆可不會真相信他有這么老實，再說即便鄭芝龍不搞事，他手下這么多人也未必都會照他說的去做，將錢財盡數交出來。
此外一部分不愿投降，依然藏匿在島上的武裝人員，也需要分兵去進行搜捕圍剿。這些人雖然不可能影響到目前的戰事走向，但不盡數除掉終究是個隱患。執委會想要的結果是十八芝徹底覆滅，不留下任何給其余黨東山再起的機會。
至于宮古島這個地方，海漢目前并沒有將其占下來據為己有的意圖。這個島沒有獨特的自然資源，地理位置也算不上特別緊要，頂多就是當作一處島嶼殖民點來建設使用。但海漢在過去的一年多時間里擴張速度太快，目前從福建到浙江的各處殖民地都還有大量的勞動力缺口，基層干部也還有不少空缺崗位需要人手填補，暫時沒有精力去開辟一些戰略意義不大的新殖民點。
執委會的打算是將其作為一個人情，先奉還給琉球國。當然這種奉還也不是全無條件，屆時也會向琉球國提出通商要求。目前琉球王國是處于第二尚氏王朝時期，在第七代統治者尚寧王在位時遭受了日本薩摩藩島津氏的入侵并淪為藩屬國，每年向薩摩藩輸送糧食8000石。目前琉球國在位的統治者是1621年登基的尚豐王，但像琉球這種國力羸弱的島國政權，海漢將宮古島交還與否，其實都沒有太大的影響。
在宮古島的后續行動持續的時間遠比戰事進行的時間更長，兵力有限的海漢軍要對面積超過150平方公里的宮古島和緊鄰的下地島、伊良部島、來間島、池間島、大神島等島嶼進行清理，著實是費時費力的行動。而島上的俘虜、大部分原住民，以及大量的物資，都需要用船運回海漢自己的地方去。屆時交還給琉球國的，大概也就只是一個光禿禿的島嶼了。
海漢在宮古島上繳獲的財富就遠不及去年在澎湖的收獲了，主要的原因也是因為十八芝撤到宮古島之后生計日益艱難，不得不拿出了大量積蓄購買各種物資補給，一年下來消耗極大。等海漢民團大舉攻入島上的時候，十八芝其實也已經到了強弩之末，就算不遭遇外敵也已經開始顯露出頹勢了，或許不會在短時間內自然消亡，但為了尋求資源，分裂成多個小規模武裝團伙各自為戰，幾乎是必然會發生的狀況。