在這支船隊出發三天之后，另一支船隊也從香港島銅鑼灣碼頭駛出，目的地同樣也是臺南。這支船隊一部分乘客是廣州方面近期招收的一批新移民，大約三百人上下，另一部分則是由李家秘密組織的一支建筑施工隊，共八十余人，他們的任務是在當地協助修建民房、碼頭，以及其他的基建設施。
12月16日，由五艘作戰船只和兩艘綜合補給船組成的船隊駛出澎湖馬公港，以海上訓練的名義往東南方向駛去。這支艦隊的目標與前兩支船隊一樣，都是臺南的高雄港，其任務便是在移民抵達當地初期，為移民營地武裝護衛，同時也負責維持當地的治安。
17日18日兩天，兩支分別來自海南和廣東的船隊也陸續抵達了預定海域，在先期抵達的戰船指引下，緩緩地駛進了高雄港的港灣。上次海漢民團來此勘察的時候，已經選定好了主登陸地點，就是位于后世高雄愛河入海口附近的海岸。提前抵達這里的民團部隊已經登陸上岸，在外圍大約一公里的半徑上部署了多組巡邏人員，以保證不會遭受來自外界的突然襲擊。盡管上次來的時候已經跟本地的土著居民談攏了條件，但誰也不敢保證這些土人會不會信守之前所達成的協議，必要的兵力部署也是為了防患于未然。
移民們在登陸的頭幾天里都是住在可容納二十人的大型行軍帳篷里，而他們在這個階段的任務就是平整基地，挖掘排水溝、儲水池，修建廁所等基礎設施。直到第四天開始，移民們才在工匠的指揮下，將從船上卸下的預制木板和其他構件運到預定地點，開始拼裝搭建房屋。這種活動板房主要還是按照以前的思路，以黎族的船型屋為外形參照，而結構上則是進行了更多的改進，使用大量預制件來簡化房屋搭建的過程。熟練的工匠指揮七八個力工，只需一兩天時間便可以搭建起一間可容八到十人居住的新式船型屋。